| تعداد نشریات | 283 |
| تعداد نشریات سازمان | 81 |
| تعداد شماره‌ها | 2,729 |
| تعداد مقالات | 31,084 |
| تعداد مشاهده مقاله | 29,399,189 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 16,374,510 |
The Comparison of Biochemical and Sequencing 16S rDNA Gene Methods to Identify Nontuberculous Mycobacteria | ||
| Archives of Razi Institute | ||
| مقاله 3، دوره 69، شماره 2، اسفند 2014، صفحه 137-142 اصل مقاله (75.38 K) | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.7508/ari.2014.02.003 | ||
| نویسندگان | ||
| M. Shafipour؛ M. Ghane؛ S. Rahimi alang؛ S. Livani؛ E. Ghaemi* | ||
| چکیده | ||
| The identification of Mycobacteria in the species level has great medical importance. Biochemical tests are laborious and time-consuming, so new techniques could be used to identify the species. This research aimed to the comparison of biochemical and sequencing 16S rDNA gene methods to identify nontuberculous Mycobacteria in patients suspected to tuberculosis in Golestan province which is the most prevalent region of tuberculosis in Iran. Among 3336 patients suspected to tuberculosis referred to hospitals and health care centres in Golestan province during 2010-2011, 319 (9.56%) culture positive cases were collected. Identification of species by using biochemical tests was done. On the samples recognized as nontuberculous Mycobacteria, after DNA extraction by boiling, 16S rDNA PCR was done and their sequencing were identified by NCBI BLAST. Of the 319 positive samples in Golestan Province, 300 cases were M.tuberculosis and 19 cases (5.01%) were identified as nontuberculous Mycobacteria by biochemical tests. 15 out of 19 nontuberculous Mycobacteria were identified by PCR and sequencing method as similar by biochemical methods (similarity rate: 78.9%). But after PCR, 1 case known as M.simiae by biochemical test was identified as M. lentiflavum and 3 other cases were identified as Nocardia. Biochemical methods corresponded to the 16S rDNA PCR and sequencing in 78.9% of cases. However, in identification of M. lentiflavum and Nocaria sp. the molecular method is better than biochemical methods. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| Nontuberculous Mycobacteria؛ 16S rDNA؛ M. simiae؛ M. lentiflavum | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| مقایسه دو روش بیوشیمیایی و توالی یابی ژن 16S rDNA در جداسازی مایکوباکتریوم های غیر توبرکلوزی | ||
| نویسندگان [English] | ||
| مریم شفیع پور؛ مسعود قانع؛ سمیه رحیمی النگ؛ صدیقه لیوانی؛ عزت الله قائمی | ||
| چکیده [English] | ||
| شناسایی مایکوباکتریوم تا سطح گونه دارای اهمیت پزشکی فراوانی دارد. تست های بیوشیمیایی پر زحمت و وقت گیر است، بنابر این تکنیک های جدید می تواند برای شناسایی گونه مورد استفاده قرار گیرد. این تحقیق به منظور مقایسه روش های بیوشیمیایی و تعیین توالی ژن 16S rDNA برای شناسایی مایکوباکتریوم های غیر توبرکلوزی در بیماران مشکوک به سل در استان گلستان که از شایع ترین مناطق بیماری سل در ایران می باشد، انجام شده است. از بین 3336 بیمار مراجعه کننده به بیمارستان ها و مراکز بهداشت استان گلستان 1389-1390 ، تعداد 319 مورد (9.56 درصد) کشت مثبت جمع آوری شد. شناسایی گونه ها ابتدا با روش بیوشیمیایی انجام شد. بر روی نمونه هایی که به عنوان مایکوباکتریوم غیرتوبرکلوزی شناسایی شد، پس از استخراج DNA توسط روش جوشاندن، واکنش زنجیره ای پلیمراز ژن 16S rDNA انجام شد و پس از تعیین توالی، سپس تعیین گونه توسط بلاست انجام شد. از 319 مورد کشت مثبت در استان گلستان، 19 مورد (5.01 درصد) توسط روش بیوشیمیایی به عنوان مایکوباکتریوم غیرتوبرکلوزی و 300 مورد به عنوان مایکوباکتریوم توبرکلوزیس شناخته شدند. شناسایی گونه در 15 مورد از 19 مورد، با روش های بیوشیمیایی و مولکولی با یکدیگر مطابقت داشته (78.9 درصد تشابه) است. اما بعد از تعیین توالی در یک مورد مایکوباکتریوم سیمیه به عنوان مایکوباکتریوم لنتی فلاووم و در 3 مورد نوکاردیا شناسایی شد. تست های بیوشیمیایی در 78.9% با روش مولکولی مطابقت داشته است. با این شناسایی مایکوباکتریوم لنتی فلاووم و نوکاردیا توسط روش مولکولی بهتر انجام می شود. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| مایکوباکتریوم های غیرتوبرکلوزی, 16S rDNA, مایکوباکتریوم سیمیه, مایکوباکتریوم لنتی فلاووم | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 6,231 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 1,374 |
||