| تعداد نشریات | 286 |
| تعداد نشریات سازمان | 84 |
| تعداد شماره‌ها | 2,944 |
| تعداد مقالات | 33,229 |
| تعداد مشاهده مقاله | 43,865,987 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 20,372,182 |
استفاده از علم بیوانفورماتیک برای تشخیص آلودگی میگو به ویروس بیماری لکه سفید | ||
| مجله علمی شیلات ایران | ||
| مقاله 14، دوره 14، شماره 1، آذر 1384، صفحه 177-182 اصل مقاله (934.19 K) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/isfj.2017.113825 | ||
| نویسنده | ||
| حسن محبت کار | ||
| شیراز | ||
| چکیده | ||
ویروس سندرم لکه سفید یک عامل مهم مرگ و میر میگو پرورشی در سراسر کشورهای جهان بشمار می رود(Witteveldt et al, 2001) ویریونهای غشا دار این ویروس ذرات متقارن بیضوی تا میله ای شکل با قطری بین 120 تا 150 نانومتر و طولی در حدود 270 تا 290 نانومتر هستند. انتهای دم مانندی در یک انتهای ویریون وجود دارد (Hulten et al., 2002). این ویروس دارای ژنوم DNA حلقوی دو رشته ای با طولی در حدود 305 هزار جفت باز است که در آن ORF وجود دارد. ویروس سندرم لکه سفید، میگو و سایر سخت پوستان را آلوده می کند. ویروس دارای حداقل پنج پروتئین ویریون اصلی است که سه تا از آنها یعنی VP15, VP24, VP26 در نوکلیوکپسید میله ای شکل و دو تای دیگر یعنی VP19, VP28در غشا ویروس وجود دارد (Mohan et al., 2002). هیچکدام از 5 پروتئین اصلی ساختمانی این ویروس گلیکوزیله نیستند. که این یک خصوصیت غیر معمول در بین ویروس های جانوری غشا دار است (Hulten et al., 2000b). اگر چه ویروس لکه سفید از نظر مورفولوژی شبیه باکولوویروسهای حشرات است ولی این دو از نظر توالی های اسیدهای آمینه به هم مرتبط نیستند. حتی برخی ژنهای این ویروس همولوژی بیشتری با ژنهای یوکاریوتیک دارند. در حقیقت توالی ویروس لکه سفید با همه ویروس ها متفاوت است (Yang et al., 2001). مطالعات فیلوژنیک نیز نشان می دهند که پروتئین های این ویروس در ایزوله های مختلف، آن بسیار نزدیک به هم هستند. درخت فیلوژنیک این پروتئین ها را از این نظریه حمایت می کند که ویروس سندرم لکه سفید یک ویروس متمایز از سایر خانواده های ویروس می باشد و به هیچکدام از خانواده های شناخته شده فعلی تعلق ندارد (Chen et al., 2002). | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| بیوانفورمایک؛ بیماری لکه سفید؛ اپی توپ | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| Application of bioinformatics in diagnosis of White Spot Syndrome Virus | ||
| نویسندگان [English] | ||
| H. Mohabatkar | ||
| Shiraz | ||
| چکیده [English] | ||
| White spot syndrome is one of the major problems in shrimp culture worldwide. There are different techniques like Dot blotting, PCR and using monoclonal antibodies for diagnosis of White Spot Syndrome Virus (WSSV). In the latter method, by using laboratory animals, monoclonal antibodies against different antigenic domains of proteins of the virus are developed. Then the reactivity of these antibodies with all proteins of shrimp can be tested by ELISA. As it is not known at the start of the test which parts of a protein are strong epitopes and so there is a need to test many peptides, this method is expensive and time consuming. One of the solutions for this problem is prediction of epitopes, synthesis of few peptides, and testing these peptides. Since VP28 is the most important protein of WSSV capsid, the sequences of amino acids of VP28 of four isolates of WSSV from different parts of the world were collected for this study. By using bioinformatics method, after aligning of sequences the consensus sequence was identified. For prediction of antigenic domains of V 28, seven different programs were used. The analysis through the computer programme resulted in prediction of five epitopes in V 28. These parts of the protein can now be synthesized and tested for identification of the virus. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| Bioinformatics, White Spot Syndrome. Epitope | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 224 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 182 |
||