| تعداد نشریات | 286 |
| تعداد نشریات سازمان | 84 |
| تعداد شماره‌ها | 2,944 |
| تعداد مقالات | 33,229 |
| تعداد مشاهده مقاله | 43,865,255 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 20,371,088 |
Phylogenetic Analysis of bor Gene in an Escherichia coli Strain 1378 (O78:K80) Isolated from an Avian Colibacillosis Case in Tehran, Iran | ||
| Archives of Razi Institute | ||
| مقاله 12، دوره 74، شماره 3، آذر 2019، صفحه 313-320 اصل مقاله (367.44 K) | ||
| نوع مقاله: Short Communication | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/ari.2018.120869.1200 | ||
| نویسندگان | ||
| B. Nayeri Fasaei1؛ T. Zahraei Salehi1؛ S. Salari* 2؛ M. M. Ranjbar3؛ A. R. Yousefi4 | ||
| 1Department of Microbiology and Immunology, Faculty of Veterinary Medicine, University of Tehran, Tehran, Iran | ||
| 2Department of Pathobiology, Faculty of Veterinary Medicine, University of Zabol, Zabol, Iran | ||
| 3Department of FMD, Razi Vaccine and Serum Research Institute, Agricultural Research, Education, and Extension Organization (AREEO), Karaj, Iran | ||
| 4Department of Pathology and Experimental Animals, Razi Vaccine and Serum Research Institute, Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Karaj, Iran | ||
| چکیده | ||
| Colibacillosis is known as a fatal bacterial disease resulting in a high level of commercial loss worldwide. This study amid to elucidate the sequence, genetic characteristics, and phylogeny of the bor gene in Escherichia coli (E. coli) strain c1378 (O78:K80) isolated from avian colibacillosis in Iran and develop a rapid and optimal polymerase chain reaction (PCR) molecular-based technique with specific primers to detect this gene in E. coli. A virulent avian E. coli (i.e., laboratory designation E. coli strain c1378) isolated from a chicken with systemic colibacillosis from a broiler farm in Tehran, Iran, in 2004 was used as a source of the bor gene. After DNA extraction, PCR method was used to amplify the bor gene. A 658 bp fragment of the bor gene was amplified, sequenced, blasted, and phylogenetically studied. The most similar sequences to the bor gene in E. coli strain c1378 were E. coli APEC O78, Enterobacteria phage HK630, and Escherichia coli BW2952, respectively. There was a high similarity between the bor gene in E. coli bacteria with their phage and plasmid. Moreover, a high similarity was observed between the bor and iss genes (approximately 92%) showing that they were homologous genes. In addition, the similarity analysis of different bacterial species, as well as their plasmid and bacteriophage, to the bor gene indicated that the highest similarity to O78:K80 was related to Paracoccidioides brasiliensis, Bacillus thuringiensis CT43 plasmid pBMB0558, and Salmonella enterica subsp. enterica serovar Kentucky strain CVM29188 plasmid, respectively. Altogether, the results of the present study confirmed the presence of the bor gene in the studied isolates and clarified its sequence, phylogenetic relationship, and similarities of E. coli strain c1378 (O78:K80) isolated from avian colibacillosis. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| E. coli؛ Colibacillosis؛ Avian؛ Identification | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| تشخیص، توالییابی و آنالیز فیلوژنی ژن bor در سویه 1378 باکتری اشرشیا کلی(O78:K80) جدا شده از کلیباسیلوز طیور در ایران | ||
| چکیده [English] | ||
| کلیباسیلوز یک بیماری باکتریایی کشنده است که خسارات اقتصادی زیادی را در سراسر دنیا به بار میآورد. این مطالعه با هدف تعیین توالی، ارزیابی خصوصیات ژنتیکی و فیلوژنی ژن bor در سویه c1378 باکتری اشرشیا کلی جدا شده از کلیباسیلوز از یک فارم پرورش گوشتی تهران در سال 2004 و همچنین ایجاد یک روش سریع و بهینه بر پایه واکنش زنجیرهای پلیمراز با پرایمرهای اختصاصی برای تشخیص این ژن در باکتری اشرشیا کلی انجام شد.سویه وحشی با حدت بالای باکتری اشرشیا کلی (سویه c1378) جدا شده از جوجههای دارای کلیباسیلوز سیستمیک در ایران به عنوان منبع ژن bor مورد استفاده قرار گرفت. پس از استخراج DNA، ژن bor با روش واکنش زنجیرهای پلیمراز تکثیر شد. یک قطعه 658 جفت بازی از ژن bor تکثیر، توالییابی و مورد مطالعه فیلوژنی قرار گرفت. مشابهترین توالی با ژن bor باکتری اشرشیا کلی سویه c1378، به ترتیب Escherichia coli APEC O78، Enterobacteria phage HK630 و Escherichia coli BW2952 بود. تشابه توالی بسیار زیادی بین ژن bor در باکتری اشرشیا کلیبا فاژ و پلاسمید آنها وجود داشت. همچنین، شباهت بسیار زیادی بین ژن bor و iss (نزدیک به 92%) نشان از همولوژی این ژنها داشت. افزون بر این، آنالیز تشابه بین گونههای مختلف باکتری، پلاسمیدها و باکتریوفاژهای آنها با ژن bor نشان داد که بیشترین تشابه با O78:K80 به ترتیب مربوط به Paracoccidioides brasiliensis، پلاسمید Bacillus thuringiensis CT43 و پلاسمیدS. enterica subsp. enterica serovar Kentucky str .CVM29188 بود. به طور کلی نتایج این مطالعه نشان از وجود ژن bor در جدایهها مطالعه شده و همچنین توالی، ارتباط فیلوژنی و تشابه باکتری اشرشیا کلی سویه c1378 جدا شده از کلیباسیلوز طیور در ایران را مشخص نمود. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| اشرشیا کلی, کلیباسیلوز, طیور, شناسایی | ||
| مراجع | ||
|
Barondess, J.J., Beckwfth, J., 1990. A bacterial virulence determinant encoded by lysogenic coliphage lambda. Nature 346, 6287, 871-874.
Barondess, J.J., Beckwith, J., 1995. bor gene of phage lambda, involved in serum resistance, encodes a widely conserved outer membrane lipoprotein. J Bacteriol 177, 5, 1247-1253.
Bekal, S., Brousseau, R., Masson, L., Prefontaine, G., Fairbrother, J., Harel, J., 2003. Rapid identification of Escherichia coli pathotypes by virulence gene detection with DNA microarrays. J Clin Microbiol 41, 5, 2113-2125.
Casjens, S.R., Hendrix, R.W., 2015. Bacteriophage lambda: early pioneer and still relevant. Virology 479, 310-330.
Chuba, P.J., Leon, M.A., Banerjee, A., Palchaudhuri, S., 1989. Cloning and DNA sequence of plasmid determinant iss, coding for increased serum survival and surface exclusion, which has homology with lambda DNA. Mol Gen Genet MGG 216, 2, 287-292.
Doorduijn, D.J., Rooijakkers, S.H., van Schaik, W., Bardoel, B.W., 2016. Complement resistance mechanisms of Klebsiella pneumoniae. Immunobiology 221, 10, 1102-1109.
Horne, S.M., Pfaff-McDonough, S.J., Giddings, C.W., Nolan, L.K., 2000. Cloning and sequencing of the iss gene from a virulent avian Escherichia coli. Avian Dis, 44, 1, 179-184.
Johnson, T.J., Wannemuehler, Y.M., Nolan, L.K., 2008. Evolution of the iss gene in Escherichia coli. Appl Environ Microbiol 74, 8, 2360-2369.
Kant, J., 1995. Direct DNA sequencing in the clinical laboratory. Clin Chem 41, 10, 1407-1409.
Lynne, A.M., Skyberg, J.A., Logue, C.M., Nolan, L.K., 2007. Detection of Iss and Bor on the surface of Escherichia coli. J Appl Microbiol 102, 3, 660-666.
Ranjbar, M.M., Ahmadi, N.A., Ghorban, K., Ghalyanchilangeroudi, A., Dadmanesh, M., Amini, H.-R., 2015. Immnoinformatics: Novel view in understanding of immune system function, databases and prediction of immunogenic epitopes. Koomesh 17, 1, 18-26
Russo, T.A., Johnson, J.R., 2006. Extraintestinal isolates of Escherichia coli: identification and prospects for vaccine development. Expert Rev Vaccines 5, 1, 45-54.
Serra-Moreno, R., Acosta, S., Hernalsteens, J.P., Jofre, J., Muniesa, M., 2006. Use of the lambda red recombinase system to produce recombinant prophages carrying antibiotic resistance genes. BMC Mol Biol 7, 31.
Vandekerchove, D., De Herdt, P., Laevens, H., Pasmans, F., 2004. Colibacillosis in caged layer hens: characteristics of the disease and the aetiological agent. Avian Pathol 33, 2, 117-125.
Wooley, R.E., Spears, K.R., Brown, J., Nolan, L.K., Fletcher, O.J., 1992. Relationship of complement resistance and selected virulence factors in pathogenic avian Escherichia coli. Avian Dis, 36, 3, 679-684.
Zahraei, S., Rajabi, Z., Modirsanei, M., Bokaei, S., 2004. Evaluation of the immunogenicity of endemic Escherichia coli serotypes isolated from poultry in Iran. J Vet Res 59, 2, 189-195. | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 2,190 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 599 |
||