- همه نشریات
- علوم آب و خاک
- علوم اقتصاد و ترویج کشاورزی
- علوم جنگل, مرتع و آبخیزداری
- علوم دامی و شیلات
- علوم زراعی و باغی
- علوم گیاهپزشکی
- علوم مهندسی و مکانیزاسیون کشاورزی
- مجلات ترویجی کشاورزی
- نشریات انجمن ها
- نشریات با زبان انگلیسی
- نشریات با زبان فارسی
- نشریات دانشگاه آزاد اسلامی
- نشریات علمی
- نشریات علمی سازمان تحقیقات، آموزش و ترویچ کشاورزی
آمار
| تعداد نشریات | 275 |
| تعداد نشریات سازمان | 74 |
| تعداد شماره‌ها | 1,700 |
| تعداد مقالات | 19,718 |
| تعداد مشاهده مقاله | 10,807,302 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 8,380,358 |
شناسایی ژن های مسیر بیوسنتزی اسکلت ترپنوئید در میوه گیاه دارویی هندوانه ابوجهل (Citrullus colocynthis) با استفاده از تکنیک توالی یابی RNA | ||
| تحقیقات گیاهان دارویی و معطر ایران | ||
| مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 10 شهریور 1398 | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/ijmapr.2019.125294.2510 | ||
| نویسندگان | ||
معصومه درافشان1؛ مهدی سلطانی حویزه   1؛ وحید شریعتی2
| ||
| 1گروه ژنتیک و بهنژادی گیاهی، دانشکده کشاورزی، واحد اهواز، دانشگاه آزاد اسلامی، اهواز،ایران | ||
| 2پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، تهران، ایران | ||
| چکیده | ||
| والی‌یابی RNA در حال حاضر یک انتخاب موثر و پر سرعت برای مطالعه ترانسکریپتوم گونه‌های گیاهی غیر مدل است که برای شناسایی شبکه‌های ژنی و الگوهای بیان ژن‌های تولید کننده متابولیت‌های ثانویه در اندام‌های مختلف گیاهان استفاده می‌شود. اصلی‌ترین ترکیبات در بافت‌های میوه و برگ گیاه دارویی هندوانه ابوجهل را ترپنوئیدها، فلاونوئیدها و آلکالوئیدها تشکیل می‌دهند. در این مطالعه، ترانسکریپتوم میوه گیاه هندوانه ابوجهل با استفاده از تکنیک توالی‌یابی RNA، بن‌سازه Iluumina HiSeq2500 اجرا گردید. بعد از کنترل کیفیت با استفاده از نرم‌افزارهای FastQC و Trimmomatic تعداد 21,952,885 خوانش دارای کیفیت بالا تولید شد و با استفاده از برنامه‌ی Evidential-gene بصورت نوپدید یکپارچه‌سازی شد که منتهی به تولید 55,311 تک‌ژن دارای N50 معادل 927 جفت باز گردید. توالی تک‌ژن‌های یکپارچه شده در پایگاه KAAS بارگذاری شدند. در مجموع 13,657 تک‌ژن تفسیر شد که این تعداد در 134 مسیر زیستی قرار گرفتند. مسیر "اسکلت ترپنوئید" با تعداد 93 تک‌ژن از پرتعدادترین مسیرهای شناسایی شده از میان 1,552 تک‌ژن مسیر بیوسنتز متابولیت ثانویه بود. با بررسی تک‌ژن‌های مرتبط با مسیر بیوسنتزی اسکلت ترپنوئید، 29 شناسه ژنی (K) شناسایی شد که تمام ژن‌های دو مسیر اصلی بیوسنتزی اسکلت ترپنوئیدی: مسیر سیتوزولی موالونیک اسید (MVA) و پلاستیدی متیل-ارتریتول-فسفات (MEP) از ابتدای مسیر تا تولید ایزوپنیل‌دی‌فسفات (IPP) را شامل می‌شود. شناسایی ژن‌های مسیر بیوسنتزی اسکلت ترپنوئید امکان تحقق توسعه‌ی تجاری محصول گیاه دارویی، که پایه‌ای برای پژوهش‌های آتی مربوط به شناسایی مسیرهای بیوسنتزی سایر متابولیت‌های اختصاصی، مهندسی متابولیت، اصلاح مولکولی و بهنژادی گیاهان دارویی است را فراهم می‌کند. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| گیاه دارویی؛ توالی‌یابی نسل آینده؛ ترانسکریپتوم؛ یکپارچه‌سازی نوپدید؛ پایگاه اطلاعاتی | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| Identification of terpenoid backbone biosynthetic pathway genes in fruit of Citrullus colocynthis medical plant by RNA sequencing | ||
| نویسندگان [English] | ||
| Masoumeh Dorafshan1؛ Mahdi Soltani Howyzeh1؛ Vahid Shariati2 | ||
| 1Genetic and Plant Breeding Departemant, Ahvaz Branch, Islamic Azad University, Ahvaz, Iran | ||
| 2National Institute of Genetic Engineering and Biotechnology, Tehran, Iran | ||
| چکیده [English] | ||
| Nowadays, RNA sequencing is an effective and fast method to study the non-model plant species transcriptome that is used to identify different gene networks expressed and the patterns of expression of the genes which produce secondary metabolites in different plant organs. The main compounds in fruits and leaves of the Citrullus colocynthis medical plant are the terpenoids, flavonoids and alkaloids. In this study, the transcriptome of C. colocynthis fruit was performed using RNA-Seq technique, Iluumina HiSeq2500 platform. After quality control, using FastQC and Trimmomatic software, 21,952,885 high-quality reads were produced which after that using the Evidential-gene program the de novo assembly resulted in the production of 55,311unigenes with an N50 equal to 927 bp. The sequence of assembled unigenes was loaded on the KAAS database. A total of 13,657 unigenes were annotated, which they were matched into 134 biosynthetic pathways. The "terpenoid backbone biosynthesis" pathway with 93 unigenes was one of the most numerous unigene identified pathways from "secondary metabolite biosynthesis" pathways with 1,552 unigenes. Evaluation of unigenes related to biosynthetic pathway of the terpenoids backbone, were detected 29 K entries of the pathway, which contained all identified genes of the two main biosynthetic pathways, Mevalonic Acid (MVA) and 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate (MEP) pathways of the terpenoid backbone pathway from the beginning of the path to the production of isoprenyl diphosphate (IPP). Identification of these genes in the biosynthesis pathway of the terpenoid backbone makes it possible to realize the development of medicinal products, which creates a basis for further researches that relate to the performance identifying of biosynthesis pathways of special metabolites, metabolism engineering, molecular breeding and medical plant breeding. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| Database, De novo assembly, Medicinal plant, Next Generation Sequencing, Transcriptome | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 12 |
||
