| تعداد نشریات | 284 |
| تعداد نشریات سازمان | 82 |
| تعداد شماره‌ها | 3,049 |
| تعداد مقالات | 34,082 |
| تعداد مشاهده مقاله | 46,523,653 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 77,574,199 |
بررسی SNPهای مرتبط با چربی لاشه در گوسفندان نژادهای افشاری، مغانی و قزل | ||
| علوم دامی | ||
| مقاله 18، دوره 32، شماره 123، شهریور 1398، صفحه 247-258 اصل مقاله (2.15 M) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/asj.2018.121945.1704 | ||
| نویسندگان | ||
| محمود پورعسکری1؛ محمدطاهر هرکی نژاد2؛ محمدباقر زندی* 3 | ||
| 1دانش آموخته کارشناسی ارشد، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی زنجان | ||
| 2دانشیار گروه علوم دامی دانشکده کشاورزی دانشگاه زنجان | ||
| 3استادیار گروه علوم دامی دانشکده کشاورزی دانشگاه زنجان | ||
| چکیده | ||
| شناسایی مناطق ژنومی کنترل کننده صفات اقتصادی، یکی از چالش برانگیزترین موارد استفاده از نشانگرهای متراکم در ژنتیک حیوانی است. شناسایی جایگاه‌های ژنی مرتبط با ذخیره چربی از لحاظ اقتصادی از اهمیت زیادی در پرورش گوسفند برخوردار است. در این تحقیق، از تعداد 49034 نشانگر تک نوکلئوتیدی برای شناسایی نواحی ژنومی موثر بر ذخیره چربی برای 106 رأس گوسفند از نژادهای افشاری (37)، مغانی (34) و قزل (35) استفاده شد. نمونه‌ها با استفاده از آرایه‌های Illumina OvineSNP50K Beadchip تعیین ژنوتیپ شدند. با بررسی کنترل کیفیت نمونه‌های تعیین ژنوتیپ شده از 49034 نشانگر SNP تعداد 46676 باقی ماند. برای قرار گرفتن حیوانات در گروه-های نژادی خود از آنالیز مولفه‌های اصلی (PCA) براساس اطلاعات روابط خویشاوندی ژنومی استفاده شد. جهت بررسی تمایز جمعیتی در بین این سه نژاد از آماره‌های تتا و FST استفاده شد. در این مطالعه پنج ناحیه ژنومی که در صدک 99/99 کل ارزش‌های FST قرار گرفته بودند برای بررسی‌های بیشتر انتخاب شدند. این مناطق بر روی کروموزوم‌های 13، 3 (دوناحیه)، 15 و 22 واقع شده‌اند که با صفات فعالیت گیرنده لیپوپروتئین با چگالی پایین، اتصال اجزاء لیپوپروتئین با چگالی پایین، تنظیم لیپولیز در سلول‌های چربی و متابولیسم اسید چرب مرتبط می‌باشند. برای ارزیابی نشانههای انتخاب بر پایه روش‌های عدم تعادل لینکاژی از آزمون هموزیگوسیتی هاپلوئیدی بسط داده شده استفاده شد. استفاده از تراشه‌های ژنومی برای مطالعه تفاوت‌های ژنتیکی گوسفندان بومی و بررسی صفات اقتصادی مفید بوده که این امر می‌تواند به دست‌یابی برای بهبود ژنتیکی از طریق مطالعات همبستگی ژنوم و انتخاب ژنومی کمک کند. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| تفرق جمعیتی؛ کاوش ژنومیک؛ نشانههای انتخاب | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| Study of SNPs associated with carcass fat in Afshari,Moghani and Qezel sheep breeds | ||
| نویسندگان [English] | ||
| mahmoud pouraskari1؛ Taher Harakinezhad2؛ Mohammad Bagher zandi3 | ||
| 1animal science/ agricultur / Zanjan University / iran | ||
| 2Animal science/agriculture/zanjan university/iran | ||
| 3Animal science/ agriculture /zanjan university/ iran | ||
| چکیده [English] | ||
| Identification of genomic regions controlling economic traits is one of the most challenging uses of dense markers in animal genetics. Fat storage is economically important for breeding sheep. Therefore, identification of lipid-associated gene positions was the main goals of this study.In this study, 49034 Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) were used to identify the genomic regions affecting fat deposition of 106 sheep individuals include Afshari (n=37), Moghani (n=34) and Qezel (n=35) breeds were used. All samples were genotyped by Illumina OvineSNP50K bead chip. By running the quality control on the raw genotype, from tolal 49,034 SNP markers only 46,676 SNPs remained then genomic relationship principal component analysis (PCA) was used in order to assign correct individual to each breed. Theta and Fst analysis were applied to survey the population differentiation in three breeds, so five regions in 99.99 percentile FST score of the genome distribution were selected for further analysis. These regions are stated on chromosomes number 3, 13 (two areas), 15 and 22 were associated with LDL and HDL receptors Lipolise regulation in fat cells and fatty acid metolism. To verify those regions, Extended Haplotype Homozygosity (EHH) test based on linkage disequilibrium was perform. The results of this study shows that SNP bead chip are useful for population differentiation and GWAS so this can help us to achive an genetic improvement by genomic selection. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| Population differentiation, Signatures of selection, Whole-genome scan | ||
| مراجع | ||
|
خالداری، م. (1388). چالشها و راهبردهای کیفیت لاشه گوسفند در ایران. اولین سمینار کیفیت لاشه گوسفند در ایران، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی کرج-دانشگاه تهران. 25 خردادماه. صفحات 79-68 . مرادی، م. ح. (1391).کاوش ژنومیک نشانههای انتخاب در سطح ژنوم برخی از نژادهای گوسفند و شناسایی مناطق ژنومی کاندیدای مرتبط با ذخیره چربی. پایان نامه دکترا، دانشکده کشاورزی دانشگاه تهران. Akey, J.M. (2009). Constructing genomic maps of positive selection in humans: Where do we go from here?. Genome research, 19(5): 711-722. Akey, J.M., Zhang, G., Zhang, K., Jin, L. and Shriver, M.D. (2002). Interrogating a high density SNP map for signatures of natural selection. Genome Research 12:1805-14. Kashan, N.E.J., ManafiAzar, G., Afzalzade, A. and Salehi, A. (2005). Growth performance and carcass quality of fattening lambs from fat-tailed and tailed sheep breeds. Small Ruminant Research, 60: 267-271. Kijas, J.W., Townleyt, D., Dalrymple, B. P., Heaton, M.P., Maddox, J. F., McGrath, A., Wilson, P., Ingersoll, R.G., McCulloch, R., McWilliam, S., Tang, D., McEwan, J. and et al.( 2009): A genome wide survey of SNP variation reveals the genetic structure of sheep breeds. PLoS ONE.: 4:e4668. Li, D. F., Liu, W.B., Liu, J.F., Yi, G.Q., Lian, L., Qu, L.J. and Yang, N. (2012). Whole-genome scan for signatures of recent selection reveals loci associated with important traits in White Leghorn chickens. Poultry science, 91(8): 1804-1812. Ma, Y., Wei, J., Zhang, Q., Chen, L., Wang, J., Liu, J. and Ding, X. (2015). A genome scan for selection signatures in pigs. PloS one, 10(3): e0116850. Makina, S.O., Muchadeyi, F.C., Marle-Köster, E., Taylor, J. F., Makgahlela, M. L. and Maiwashe, A. (2015). Genome-wide scan for selection signatures in six cattle breeds in South Africa. Genetics Selection Evolution, 47(1): 92. Mickelson, J. (2014). Genomic Signatures of Selection in the Modern Horse. In: 10th World Congress on Genetics Applied to Livestock Production. Moioli, B., Pilla, F. and Ciani, E. (2015). Signatures of selection identify loci associated with fat tail in sheep. Journal of animal science, 93(10): 4660-4669. Moradi, M. H., Nejati-Javaremi, A., Moradi-Shahrbabak, M., Dodds, K. G. and McEwan, J. C. (2012). Genomic scan of selective sweeps in thin and fat tail sheep breeds for identifying of candidate regions associated with fat deposition. BMC genetics, 13(1): 10. Nejati-Javaremi, A., Izadi, F. and Rahmati, G. h. M. M. (2007). Selection in fat-tailed sheep based on two traits of fat-tail and body weight versus single-trait total body weight. Int J Agri Biol, 9(4): 645-648. Qanbari, S., Pimentel, E.C.G., Tetens, J., Thaller, G., Lichtner, P., Sharifi, A.R. and Simianer, H. (2010). A genome‐wide scan for signatures of recent selection in Holstein cattle. Animal genetics, 41(4): 377-389. Sabeti, P.C., Reich, D.E., Higgins, J. M., Levine, H. Z., Richter, D.J., Schaffner, S.F. and Ackerman, H.C. (2002). Detecting recent positive selection in the human genome from haplotype structure. Nature, 419(6909): 832-837. Sabeti, P.C., Schaffner, S.F., Fry, B., Lohmueller. J., Varilly, P., Shamovsky, O. and Lander, E.S. (2006). Positive natural selection in the human lineage. Science, 312(5780): 1614-1620 Safdarian, M., Zamiri, M.J., Hashemi, M. and Noorolahi, H. (2008). Relationships of fat-tail dimensions with fat-tail weight and carcass characteristics at different slaughter weights of Torki-Ghashghaii sheep. Meat science, 80(3): 686-689. Stainton, J.J., Haley, C.S., Charlesworth, B., Kranis, A., Watson, K. and Wiener, P. (2015). Detecting signatures of selection in nine distinct lines of broiler chickens. Animal genetics, 46(1): 37-49. Stephens, M., Smith, N. J. and Donnelly, P. (2001). A new statistical method for haplotype reconstruction from population data. The American Journal of Human Genetics, 68(4): 978-989. The Ovine Genome Browser [http://www.livestockgenomics.csiro.au/sheep/oar1.0.php]. The UCSC Genome Browser [http://genome.ucsc.edu/]. Weir, B. S., and Cockerham, C. C. (1984). Estimating F‐statistics for the analysis of population structure. evolution, 38(6), 1358-1370. Wellcome Trust Case Control Consortium. (2007). Genome-wide association study of 14,000 cases of seven common diseases and 3,000 shared controls. Nature, 447(7145), 661. Wood, J. D., Enser, M., Fisher, A.V., Nute, G.R., Sheard, P.R., Richardson, R. I. and Whittington, F.M. (2008). Fat deposition, fatty acid composition and meat quality: A review. Meat science, 78(4): 343-358. Yuan, Z., Liu, E., Liu, Z., Kijas, J. W., Zhu, C., Hu, S. and Wei, C. (2016). Selection signature analysis reveals genes associated with tail type in Chinese indigenous sheep. Animal Genetics. Zandi, M. B., Javaremi, A. N. and Pakdel, A. (2014). Assessment of Body Measurement Characteristics of Iranian Turkmen and Caspian horses. Bull. Env. Pharmacol. Life Sci, 3(4): 207-214. | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 565 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 493 |
||