| تعداد نشریات | 285 |
| تعداد نشریات سازمان | 83 |
| تعداد شمارهها | 3,094 |
| تعداد مقالات | 34,531 |
| تعداد مشاهده مقاله | 49,366,864 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 79,811,377 |
Phylogenetic Analysis of Hemagglutinin Gene and Evaluation of the Viral Shedding of H9N2 Avian Influenza Viruses Using Real-time RT-PCR in SPF Chickens | ||
| Archives of Razi Institute | ||
| مقاله 5، دوره 75، شماره 3، آذر 2020، صفحه 339-348 اصل مقاله (325.42 K) | ||
| نوع مقاله: Original Articles | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/ari.2019.125477.1308 | ||
| نویسندگان | ||
| P. Fazel1، 2؛ M. J. Mehrabanpour* 3؛ M. K. Shahkarami4 | ||
| 1Department of Microbiology, Fars Science and Research Branch, Islamic Azad University, Shiraz, Iran | ||
| 2Department of Microbiology, Shiraz Branch, Islamic Azad University, Shiraz, Iran | ||
| 3Department of Virology, Razi Vaccine and Serum Research Institute, Shiraz Branch, Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Shiraz, Iran | ||
| 4Department of Human Viral Vaccine, Razi Vaccine and Serum Research Institute, Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Karaj, Iran | ||
| چکیده | ||
| In recent years, the H9N2 influenzavirus has been circulating widely in poultry farms causing extensive damage. The hemagglutinin (HA) genes of the two virus isolates of H9N2 subtype in specific pathogen-free chickens were studied to determine the shedding rate in the host’s oropharyngeal and cloacal routes and their genetic relationship. The sequence analysis and phylogenetic study of the samples were performed by comparing each isolate with other H9N2 isolates in the gene bank. In the present study, the chickens were inoculated with low pathogenic avian influenza virus (LPAIV) (A/Chicken/Iran/ZMT-101/1998 [H9N2]) through the intranasal route. Oropharyngeal and cloacal swabs were collected from the chickens within 1-10 days after inoculation. The rate of viral shedding was measured within the previous 10 days by the real-time reverse transcriptase polymerase chain reaction molecular technique. No clinical symptoms were observed during the experiment in the chickens. The results obtained from this technique showed that the main route of shedding for LPAIV was oropharyngeal areas (p <0.05). Both isolates had a similar proteolytic R-S-S-R sequence at the cleavage site of the HA gene and contained glutamine (Q) amino acid at position 226 of the HA receptor-binding site, indicating that these isolates were nonpathogenic. Phylogenetic analysis demonstrated that both isolates belonged to the Eurasian clade. The comparison of these isolates with other isolates in the gene bank showed that they had the greatest similarity with the isolates in clade 1 and the least homology with the isolates in clade 4. | ||
| کلیدواژهها | ||
| Influenza virus؛ H9N2؛ Real-time RT-PCR؛ Phylogenetic analysis | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| آنالیز فیلوژنتیک ژن هماگلوتنین و ارزیابی انتشار ویروس آنفلوانزا طیور (H9N2) با روش Real Time RT-PCR در جوجههای SPF | ||
| چکیده [English] | ||
| در چند سال اخیر ویروس آنفلوانزای H9N2 به طور وسیعی در مزارع طیور در حال گردش بوده و خسارات وسیعی ایجاد کرده است. ژنهای HA دو جدایه ویروس تحت تیپ H9N2 از مرغهای SPF جهت بررسی میزان انتشار ویروس آنفلوانزا در نواحی نای و کلواک میزبان و همچنین جهت تعیین ارتباط ژنتیکی، مورد مطالعه قرار گرفتند. آنالیز سکانس و مطالعه فیلوژنتیک این نمونهها از طریق مقایسه هر ایزوله با دیگر سویه های H9N2 موجود در بانک ژنی انجام گردید. در مطالعه حاضر ویروس LPAIV تحت تیپ ((A/chicken/Iran/ZMT-101/1998(H9N2) به جوجهها از طریق مسیر بینی تلقیح شد. از روزهای اول تا دهم پس از تلقیح سواب هاب نای و کلواک جمعآوری شد. میزان انتشار ویروس در طی ده روز با روش واکنش زنجیرهای پلیمراز Real Time Reverse اندازهگیری شد. در طی آزمایش هیچگونه علائم و نشانههایی از بیماری در میزبان دیده نشد. نتایج حاصل نشان داد که مسیر اصلی انتشار ویروس LPAIV از ناحیه نای میباشد (p < 0.05). هر دو این جدایهها در ناحیه برش ژن HA دارای توالی مشابه پروتئولیتیکی R-S-S-R بودند، همچنین در موقعیت 226 بخش اتصال رسپتور دارای اسید آمینه Q (گلوتامین) بودند که نشان میدهد این جدایهها از نوع غیربیماریزا میباشند. آنالیز فیلوژنتیک نشان داد که هر دو جدایه متعلق به زیر شاخه اوراسیایی میباشند. مقایسه این جدایهها با سایر جدایههای موجود در بانک ژنی مشخص کرد که بیشترین میزان مشابهت را با ایزولههای قرار گرفته در زیر شاخه شماره 1 دارند و کمترین میزان همولوژی را با ایزولههای موجود در زیر شاخه 4 دارند. | ||
| کلیدواژهها [English] | ||
| ویروس آنفلوانزا, واکنش زنجیره ای پلیمراز Real Time Reverse, بررسی فیلوژنی, H9N2 | ||
|
سایر فایل های مرتبط با مقاله
|
||
| مراجع | ||
|
Bashashati, M., Vasfi Marandi, M., Sabouri, F., 2013. Genetic diversity of early (1998) and recent (2010) avian influenza H9N2 virus strains isolated from poultry in Iran. Arch Virol 158, 2089-2100.
Cameron, K.R., Gregory, V., Banks, J., Brown, I.H., Alexander, D.J., Hay, A.J., et al., 2000. H9N2 subtype influenza A viruses in poultry in pakistan are closely related to the H9N2 viruses responsible for human infection in Hong Kong. Virology 278, 36-41.
Costa-Hurtado, M., Afonso, C.L., Miller, P.J., Spackman, E., Kapczynski, D.R., Swayne, D.E., et al., 2014. Virus interference between H7N2 low pathogenic avian influenza virus and lentogenic Newcastle disease virus in experimental co-infections in chickens and turkeys. Vet Res 45, 1-11.
Elbayoumi, K.M., Mahgoub, K., Mekky, H., Hassan, E.R., Girh, Z.M.S., Maatouq, A., et al., 2013. Molecular detection of H5N1, H9N2 and Newcastle disease viruses isolated from chicken in mixed infection in Egypt. World Appl Sci J 27, 44-50.
Fouchier, R.A., Munster, V., Wallensten, A., Bestebroer, T.M., Herfst, S., Smith, D., et al., 2005. Characterization of a novel influenza A virus hemagglutinin subtype (H16) obtained from black-headed gulls. J Virol 79, 2814-2822.
Ge, S., Zheng, D., Zhao, Y., Liu, H., Liu, W., Sun, Q., et al., 2012. Evaluating viral interference between Influenza virus and Newcastle disease virus using real-time reverse transcription-polymerase chain reaction in chicken eggs. Virol J 9, 128.
Homayounimehr, A.R., Dadras, H., Shoushtari, A., Pourbakhsh, S.A., 2010. Sequence and phylogenetic analysis of the haemagglutinin genes of H9N2 avian influenza viruses isolated from commercial chickens in Iran. Trop Anim Health Pro 42, 1291-1297.
Hosseini, H., Ghalyanchilangeroudi, A., Fallah Mehrabadi, M.H., Sediqian, M.S., Shayeganmehr, A., Ghafouri, S.A., et al., 2017. Phylogenetic analysis of H9N2 avian influenza viruses in Afghanistan (2016-2017). Arch Virol 162, 3161-3165.
Karimi, S., Ghalyanchilangeroudi, A., Madadgar, O., Najafi, H., Maghsoudlo, H., 2015. Molecular characterization and phylogenetic study based on matrix gene of avian influenza viruses (H9N2) in Iran during 1998-2008. J Vet Res 70, 147-153.
Lee, Y.J., Shin, J.Y., Song, M.S., Lee, Y.M., Choi, J.G., Lee, E.K., et al., 2007. Continuing evolution of H9 influenza viruses in Korean poultry. Virology 359, 313-323.
Liolios, L., Jenney, A., Spelman, D., Kotsimbos, T., Catton, M., Wesselingh, S., 2001. Comparison of a multiplex reverse transcription-PCR-enzyme hybridization assay with conventional viral culture and immunofluorescence techniques for the detection of seven viral respiratory pathogens. J Clin Microbiol 39, 2779-2783.
Matrosovich, M., Tuzikov, A., Bovin, N., Gambaryan, A., Klimov, A., Castrucci, M.R., et al., 2000. Early alterations of the receptor-binding properties of H1, H2, and H3 avian influenza virus hemagglutinins after their introduction into mammals. J Virol 74, 8502-8512.
Mehrabanpour, M.J., Fazel, P.D., Rahimian, A., Hosseini, M.H., Moein, H., Shayanfar, M.A., 2011. Newcastle Disease and Avian Influenza A Virus in Migratory Birds in Wetland of Boushehr-Iran. J Anim Vet Adv 3, 229-234.
Monne, I., Ormelli, S., Salviato, A., De Battisti, C., Bettini, F., Salomoni, A., et al., 2008. Development and validation of a one-step real-time PCR assay for simultaneous detection of subtype H5, H7, and H9 avian influenza viruses. J Clin Microbiol 46, 1769-1773.
Moosakhani, F., Shoshtari, A.H., Pourbakhsh, S.A., Keyvanfar, H., Ghorbani, A., 2010. Phylogenetic analysis of the hemagglutinin genes of 12 H9N2 influenza viruses isolated from chickens in Iran from 2003 to 2005. Avian Dis 54, 870-874.
Pazani, J., Vasfi Marandi, M., Ashrafihelan, J., Marjanmehr, S., Farid, G., 2008. Pathological Studies of A / Chicken / Tehran / ZMT - 173/99 (H9N2) Influenza Virus in Commercial Broiler Chickens of Iran. Int J Poultry Sci 7, 502-510.
Spackman, E., Senne, D.A., Myers, T.J., Bulaga, L.L., Garber, L.P., Perdue, M.L., et al., 2002. Development of a real-time reverse transcriptase PCR assay for type A influenza virus and the avian H5 and H7 hemagglutinin subtypes. J Clin Microbiol 40, 3256-3260.
Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A., Kumar, S., 2013. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. Mol Biol Evol 30, 2725-2729.
Toroghi, R., Momayez, R., 2006. Biological and molecular characterization of Avian influenza virus (H9N2) isolates from Iran. Acta Virol 50, 163-168.
Vasfi Marandi, M., Bozorg Mehrifard, M.H., Tabatabaei, S.M., 2002. A Seroepidemiologic study of avian influenza (H9N2) in Iran. Sci Res Iran Vet J 8, 23-31.
Wan, X.F., Nguyen, T., Davis, C.T., Smith, C.B., Zhao, Z.M., Carrel, M., et al., 2008. Evolution of highly pathogenic H5N1 avian influenza viruses in Vietnam between 2001 and 2007. PloS one 3, e3462.
Zhu, G., Wang, R., Xuan, F., Daszak, P., Anthony, S.J., Zhang, S., et al., 2013. Characterization of recombinant H9N2 influenza viruses isolated from wild ducks in China. Vet Microbiol 166, 327-336. | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 1,942 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 2,847 |
||
