| تعداد نشریات | 285 |
| تعداد نشریات سازمان | 83 |
| تعداد شمارهها | 3,094 |
| تعداد مقالات | 34,533 |
| تعداد مشاهده مقاله | 49,385,770 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 79,836,235 |
آنالیز بیان ژن ماهیچه اسکلتی به منظور شناسایی ژنهای مؤثر در فرایند رشد گاو گوشتی | ||
| تحقیقات دامپزشکی و فرآوردههای بیولوژیک | ||
| مقاله 13، دوره 33، شماره 4، دی 1399، صفحه 123-131 اصل مقاله (858.51 K) | ||
| نوع مقاله: مقاله کامل | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/vj.2019.127720.1618 | ||
| نویسندگان | ||
| فریبا آنه شبه ناصری1؛ محمدرضا بحرینی بهزادی* 1؛ زهرا رودباری2؛ سعیده اسکندری نسب3 | ||
| 1گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه یاسوج | ||
| 2گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه جیرفت | ||
| 3گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه یاسوج | ||
| چکیده | ||
| هدف از انجام این پژوهش شناسایی ژنهای مؤثر در فرایند رشد و نمو گاو گوشتی با استفاده از پروفایل بیان ژن میباشد. رﺷﺪ ﺑﻪ ﻋﻨﻮان ﺗﻐﯿﯿﺮات وزن زﻧﺪه در ﻫﺮ واﺣﺪ زﻣﺎن ﯾﺎ ﺗﻮﺻﯿﻒ ﻧﻤﻮداری وزن در ﻣﻘﺎﺑﻞ ﺳﻦ ﺣﯿﻮان ﺑﯿﺎن میشود. رﺷﺪ ﺣﯿﻮان ﻧﺘﯿﺠﻪ ﻓﺮآﯾﻨﺪﻫﺎی زیستی ﻣﺘﻌﺪدی اﺳﺖ و ژﻧﻮﺗﯿﭗ، ﺗﻌﯿﯿﻦ ﮐﻨﻨﺪه ﺣﺪاﮐﺜﺮ ﺳﻄﺤﯽ اﺳﺖ ﮐﻪ اﯾﻦ ﻓﺮآﯾﻨﺪﻫﺎ ﻣﯽﺗﻮاﻧﻨﺪ رخ دﻫﻨﺪ. در این مطالعه دادههای خام مربوط به سنین تولد، سه ماهگی، هفت ماهگی، 12 ماهگی، 20 ماهگی، 25 ماهگی و 30 ماهگی با فرمت TXT از پایگاه داده ArrayExpress با شماره دسترسی E-GEOD-25554 دانلود شدند. در مرحله بعد، ابتدا کنترل کیفیت دادههای خام موجود با استفاده از بسته Limma، موجود در نرمافزار R با روش تحلیل مؤلفههای اساسی (PCA) و سپس نرمالسازی داخل ریزآرایهها با استفاده از روش LOESS و بین نمونهها به روش چندک انجام شد. معیارهای شناسایی ژنهای با بیان افتراقی و معنیداری دو شاخص (2- > Fold Change > 2) و (Adj P-Value < 0.05) بودند. بررسی مسیرهای زیستی توسط پایگاه DAVID انجام شده و بازسازی شبکه تنظیم بیان ژن توسط نرمافزار Cytoscape صورت گرفت. نتایج آنالیز نشان داد در سنین متفاوت در مجموع 1030 ژن مرتبط با رشد تفاوت معنیداری داشتند که از این تعداد 518 ژن افزایش بیان و 512 ژن کاهش بیان داشتند. از جمله مسیرهای سیگنالدهی مؤثر بر فرایند رشد میتوان Wnt، Insulin، IGF-I را نام برد و از مهمترین ژنهای شناسایی شده در این مطالعه FN1 ،SOD2 ،PCK1 ،HMOX1 ، SERPINE1 ، CST3، STAT3 و HSPA1A میباشند. ژن FN1 در سنین 25-20 و 30-25 ماهگی،SOD2 در سن 3-0 ماهگی، HMOX1 در سنین 3-0 و 20-12 ماهگی، SERPINE1 در سن 7-3 ماهگی، PCK1 در سن 25-20 ماهگی، STAT3 در سن 25-20 ماهگی و HSPA1A در سن 30-25 ماهگی افزایش بیان معنیداری داشتند. بنابراین نتایج این مطالعه میتواند اطلاعات تکمیلی برای درک بهتر ارتباط ژنها و مسیرهای زیستی آنها در فرایند رشد و استفاده در برنامههای اصلاح نژاد دام فراهم آورد. | ||
| کلیدواژهها | ||
| آنالیز شبکه؛ بیوانفورماتیک؛ پایگاه داده؛ ریزآرایه؛ مسیر زیستی | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| Gene expression analysis of skeletal muscle to identify genes that influence bovine growth process | ||
| نویسندگان [English] | ||
| F. Aneh Shebh Naseri1؛ M. R. Bahreini Behzadi1؛ Z. Roudbari2؛ S. Eskandarynasab3 | ||
| 1Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, Yasouj University | ||
| 2Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, University of Jiroft | ||
| 3Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, Yasouj University | ||
| چکیده [English] | ||
| The purpose of this study was to identify genes that influence bovine growth process using gene expression profile. Growth can be expressed as the change of live weight based on time unit or graph description of weight against animal age. Growth is the result of different biological processes and genetics determines the highest level that these processes can occur. In this study raw data at birth, 3, 7, 12, 20, 25, and 30 months in TXT format were obtained from ArrayExpress database with E-GEOD-2554 accession number. In the next step, the quality control assessment of the existing raw data was performed using Limma package in R environment by PCA method and then the intra array normalization was done by LOESS method and between samples by quantile method. The criteria for identifying genes with differential expression were the absolute value of fold change larger than 2 and adj P-Value < 0.05. DAVID database was used for investigation of biological pathways and reconstruction of the gene expression network were done by Cytoscape software. The results showed that there were significant differences in expression of 1030 growth-related genes at different ages. 518 genes were associated with increased expression and 512 genes with reduced expression. The Wnt, insulin and IGF-I were main signaling pathways that influences growth process. The most important genes identified in this study were FN1, SOD2, HMOX1, SERPINE1, PCK1, STAT3 and HSPA1A. FN1 gene at 20-25 and 25-30 months of age, SOD2 gene at 0-3 months of age, HMOX1 gene at 0-3 and 12-20 months of age, SERPINE1 gene at 3-7 months of age, PCK1 gene at 20-25 months of age, STAT3 gene at 20-25 months of age and HSPA1A gene at 25-30 months of age have a significant increase in expression. Therefore, the results of this study could provide additional information to better understand the relationship between genes and their biological pathways in the growth process that can be used in animal breeding programs. | ||
| کلیدواژهها [English] | ||
| Network Analysis, Bioinformatics, Database, Microarray, Biological Pathway | ||
| مراجع | ||
|
1-Akira, S. 2000. Roles of STAT3 defined by tissue-specific gene targeting. Oncogene 109: 1143-1148. | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 801 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 856 |
||