| تعداد نشریات | 284 |
| تعداد نشریات سازمان | 82 |
| تعداد شماره‌ها | 3,037 |
| تعداد مقالات | 33,984 |
| تعداد مشاهده مقاله | 45,783,776 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 77,193,000 |
Genetic diversity of Athelia rolfsii populations in the north of Iran | ||
| Rostaniha | ||
| مقاله 2، دوره 21، شماره 1 - شماره پیاپی 59، آذر 2020، صفحه 14-26 اصل مقاله (394.55 K) | ||
| نوع مقاله: Systematics and Biodiversity of Fungi | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/botany.2020.127939.1175 | ||
| نویسندگان | ||
| Zahra Mehri* 1؛ Seyed Akbar Khodaparast2؛ Ali Aalami3؛ Sedigheh Mousanejad4 | ||
| 1PhD Student, Department of Plant Protection, College of Agricultural Sciences, University of Guilan, Rasht, Iran | ||
| 2Associate Prof., Department of Plant Protection, College of Agricultural Sciences, University of Guilan, Rasht, Iran | ||
| 3Associate Prof., Department of Biotechnology, College of Agricultural Sciences, University of Guilan, Rasht, Iran | ||
| 4Assistant Prof., Department of Plant Protection, College of Agricultural Sciences, University of Guilan, Rasht, Iran | ||
| چکیده | ||
| Athelia rolfsii is a globally distributed soil-borne fungal pathogen causing root rot disease in many crops. In order to study the genetic diversity of this fungus, 90 isolates were collected and isolated from Guilan, Mazandaran and Golestan provinces (North of Iran). Genetic diversity of these isolates was investigated using Mycelial Compatibility Groups tests (MCG) and ISSR and SCoT markers. In this study, nine MCG groups were identified. The MCG3 group (with 36 members) was the most frequent in terms of the number of isolates and the most diverse group in terms of host domain (due to infection of eight host species). This group (MCG3) was also the only group that isolated from specimens in all three provinces. The dendrogram derived from cluster analysis of ISSR primers divided the isolates into four groups at a similarity level of 57%. The dendrogram obtained from cluster analysis of SCoT primers placed the isolates in a similarity level of 59% in three groups. Based on the results of both markers, Golestan isolates (except two isolates) were separated from Guilan and Mazandaran isolates. However, the presence of these two isolates in a separate cluster along with the isolates of Guilan and Mazandaran provinces was consistent with the results of MCG grouping. The results of this study showed that, these two types of markers are useful to differentiate isolates based on geographic regions. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| ISSR؛ MCG؛ molecular marker؛ SCoT؛ white rot | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| تنوع ژنتیکی جمعیت‌های قارچ Athelia rolfsii در شمال کشور | ||
| نویسندگان [English] | ||
| زهرا مهری1؛ سید اکبر خداپرست2؛ علی اعلمی3؛ صدیقه موسی نژاد4 | ||
| 1دانشجوی دکتری بیماری‌شناسی گیاهی، گروه گیاه‌پزشکی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه گیلان، رشت، ایران | ||
| 2دانشیار گروه گیاه‌پزشکی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه گیلان، رشت، ایران | ||
| 3دانشیار گروه بیوتکنولوژی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه گیلان، رشت، ایران | ||
| 4استادیار گروه گیاه‌پزشکی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه گیلان، رشت، ایران | ||
| چکیده [English] | ||
| گونهAthelia rolfsii ، یک قارچ بیماری‌زای خاک‌زی با پراکنش جهانی است که به عنوان عامل بیماری پوسیدگی سفید ریشه در بسیاری از گیاهان زراعی و باغی شناخته می‌شود. به منظور بررسی تنوع ژنتیکی این قارچ، تعداد 90 جدایه، از سه استان گیلان، مازندران و گلستان جمع‌آوری و جداسازی شدند و سپس با استفاده از گروه‌های سازگار میسلیومی (MCG) و دو نشانگر مولکولی ISSR و SCoT مورد مطالعه قرار گرفتند. در این بررسی، نه گروه سازگار میسلیومی شناسایی شد. گروه سازگار میسلیومی MCG3 (با 36 عضو) دارای بیش‌ترین فراوانی از نظر تعداد جدایه و متنوع‌ترین گروه از لحاظ دامنه میزبانی (با آلودگی هشت گونه گیاهی میزبان) بود. همچنین، این گروه تنها گروهی بود که از نمونه‌های هر سه استان جداسازی شده است. دندروگرام حاصل از تجزیه خوشه‌ای آغازگرهایISSR ، جدایه‌ها را در سطح تشابه 57% به چهار گروه تقسیم کرد. دندروگرام حاصل از تجزیه خوشه‌ای آغازگرهایSCoT ، جدایه‌ها را در سطح تشابه 59% در سه گروه قرار داد. نتایج حاصل از تجزیه به مختصات اصلی نیز این گروه‌بندی‌ها را تایید کرد. براساس نتایج هر دو نشانگر، جدایه‌های استان گلستان (به جز دو جدایه) از جدایه‌های گیلان و مازندران تفکیک شدند. قرار گرفتن این دو جدایه در یک کلاستر جداگانه در کنار جدایه‌های گیلان و مازندران، با نتایج حاصل از گروه‌بندی MCG مطابقت داشت. نتایج این بررسی نشان داد که این دو نوع نشانگر، توانایی تفکیک جدایه‌ها را براساس مناطق جغرافیایی دارا می‌باشند. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| پوسیدگی سفید, نشانگر مولکولی, ISSR, MCG, SCoT | ||
| مراجع | ||
|
Almeida, A.M.R., Abdelnoor, R.V., Calvo, E.S., Tessnman, D. & Yorinori, J.T. 2001. Genotypic diversity among Brazilian isolates of Sclerotium rolfsii. Journal of Phytopathology 149(9): 493–502.
Cilliers, A.J., Herselman, L. & Pretorius, Z.A. 2000. Genetic variability within and among mycelial compatibility groups of Sclerotium rolfsii in South Africa. Phytopathology 90(9): 1026–1031.
Collard, B.C. & Mackill, D.J. 2009. Start codon targeted (SCoT) polymorphism: a simple, novel DNA marker technique for generating gene: targeted markers in plants. Plant Molecular Biology Reporter 27(1): 86.
Gawande, S.P., Borkar, S.G., Chimote, V.P. & Sharma, A.K. 2013. Determination of genetic diversity in Sclerotium rolfsii and Sclerotium delphinii by using RAPD and ISSR markers. Vegetos: An International Journal of Plant Research 26(2): 39–44.
George, S., Sharma, J. & Yadon, V.L. 2009. Genetic diversity of the endangered and narrow endemic Piperia yadonii (Orchidaceae) assessed with ISSR polymorphisms. American Journal of Botany 96(11): 2022–2030.
Harlton, C.E., Levesque, C.A. & Punja, Z.K. 1995. Genetic diversity in Sclerotium (Athelia) rolfsii and related species. Phytopathology 85(10): 1269–1281.
Hirata, T. & Takamatsu, S. 1996. Nucleotide sequence diversity of rDNA internal transcribed spacers extracted from conidia and cleistothecia of several powdery mildew fungi. Mycoscience 37(3): 283–288.
Jebaraj, M.D., Aiyanathan, K.E.A. & Nakkeeran, S. 2017. Virulence and genetic diversity of Sclerotium rolfsii Sacc., infecting groundnut using nuclear (RAPD & ISSR) markers. Journal of Environmental Biology 38(1): 47–159.
Juhásová, G., Kobza, M. & Adamcikova, K. 2004. Diversity of Cryphonectria parasitica (Murr.) Barr vegetative compatibility (vc) types in Slovakia. III International Chestnut Congress 693: 635–640.
Katti, M.V., Ranjekar, P.K. & Gupta, V.S. 2001. Differential distribution of simple sequence repeats in eukaryotic genome sequences. Molecular Biology and Evolution 18(7): 1161–1167.
Kauserud, H. & Schumacher, T. 2003. Genetic structure of Fennoscandian populations of the threatened wood: decay fungus Fomitopsis rosea (Basidiomycota). Mycological Research 107(2): 155–163.
Leslie, J.F. 1993. Vegetative compatibility in fungi. Annual Review of Phytopathology 31: 127–151.
Mehri, Z., Khodaparast, S.A. & Mousanejad, S. 2013. Genetic diversity in sclerotium rolfsii populations based on mycelial compatibility groups in Guilan
Nalim, F.A., Starr, J.L., Woodard, K.E., Segner, S. & Keller, N.P. 1995. Mycelial compatibility groups in Texas peanut field populations of Sclerotium rolfsii. Phytopathology 85(12): 1507–1512.
Okabe, I. & Matsumoto, N. 2000. Population structure of Sclerotium rolfsii in peanut fields. Mycoscience 41(2): 145–148.
Okabe, I., Morikawa, C., Matsumoto, N. & Yokoyama, K. 1998. Variation in Sclerotium rolfsii isolates in Japan. Mycoscience 39(4): 399–407.
province, Iran. Iranian Journal of Plant Pathology 49(3): 317–324 (In Persian with English Abstract).
Punja, Z.K. & Li: Juan, S.U.N. 2001. Genetic diversity among mycelial compatibility groups of Sclerotium rolfsii (teleomorph Athelia rolfsii) and S. delphinii. Mycological Research 105(5): 537–546.
Remesal, E., Jordán: Ramírez, R., Jiménez: Díaz, R.M. & Navas: Cortés, J.A. 2012. Mycelial compatibility groups and pathogenic diversity in Sclerotium rolfsii populations from sugar beet crops in Mediterranean: type climate regions. Plant Pathology 61(4): 739–753.
Rohlf, F.J. 1998. NTSYS: pc, Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System, Version 2.01. Setauket, New York.
Roldàn: Ruiz, I., Dendauw, J., Van Bockstaele, E., Depicker, A. & De Loose, M.A.F.L.P. 2000. AFLP markers reveal high polymorphic rates in ryegrasses (Lolium spp.). Molecular Breeding 6(2): 125–134.
Sarma, B.K., Singh, U.P. & Singh, K.P. 2002. Variability in Indian isolates of Sclerotium rolfsii. Mycologia 94(6): 1051–1058.
Tang, L., Xiao, Y., Li, L., Guo, Q. & Bian, Y. 2010. Analysis of genetic diversity among Chinese Auricularia auricula cultivars using combined ISSR and SRAP markers. Current Microbiology 61(2): 132–140.
Wang, X., Yang, R., Feng, S., Hou, X., Zhang, Y., Li, Y. & Ren, Y. 2012. Genetic variation in Rheum palmatum and Rheum tanguticum (Polygonaceae), two medicinally and endemic species in China using ISSR markers. PLoS ONE 7(12): 51667.
Weising, K., Nybom, H., Pfenninger, M., Wolff, K. & Meyer, W. 1994. DNA fingerprinting in plants and fungi. CRC Press.
Xie, C., Huang, C.H. & Vallad, G.E. 2014. Mycelial compatibility and pathogenic diversity among Sclerotium rolfsii isolates in the southern United States. Plant Disease 98(12): 1685–1694.
Xiong, F., Zhong, R., Han, Z., Jiang, J., He, L., Zhuang, W. & Tang, R. 2011. Start codon targeted polymorphism for evaluation of functional genetic variation and relationships in cultivated peanut (Arachis hypogaea L.) genotypes. Molecular Biology Reports 38(5): 3487–3494.
Xiong, F.Q., Tang, R.H., Chen, Z.L., Pan, L.H. & Zhuang, W.J. 2009. SCoT: a novel gene targeted marker technique based on the translation start codon. Molecular Plant Breeding 7: 635–638.
Yin, Y., Liu, Y., Li, H., Zhao, S., Wang, S., Liu, Y., Wu, D. & Xu, F. 2014. Genetic diversity of Pleurotus pulmonarius revealed by RAPD, ISSR, and SRAP fingerprinting. Current Microbiology 68(3): 397–403.
Zervakis, G.I., Venturella, G. & Papadopoulou, K. 2001. Genetic polymorphism and taxonomic infrastructure of the Pleurotus eryngii species: complex as determined by RAPD analysis, isozyme profiles and ecomorphological characters. Microbiology 147(11): 3183–3194.
Zhang, R., Huang, C., Zheng, S., Zhang, J., Ng, T.B., Jiang, R., Zuo, X. & Wang, H. 2007. Strain: typing of Lentinula edodes in China with inter simple sequence repeat markers. Applied Microbiology and Biotechnology 74(1): 140–145.
Zhao, M., Huang, C., Chen, Q., Wu, X., Qu, J. & Zhang, J. 2013. Genetic variability and population structure of the mushroom Pleurotus eryngii var. tuoliensis. PLoS ONE 8(12): 83253. | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 1,171 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 953 |
||