- همه نشریات
- نشریات علمی سازمان تحقیقات، آموزش و ترویچ کشاورزی
- مجلات ترویجی سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی
- سایر نشریات سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی
- نشریات علمی انجمن ها
- علوم آب و خاک
- علوم اقتصاد و ترویج کشاورزی
- علوم جنگل, مرتع و آبخیزداری
- علوم دامی و شیلات
- علوم زراعی و باغی
- علوم گیاهپزشکی
- علوم مهندسی و مکانیزاسیون کشاورزی
- نشریات با زبان انگلیسی
- نشریات با زبان فارسی
- نشریات دانشگاه آزاد اسلامی
- نشریات علمی
آمار
| تعداد نشریات | 280 |
| تعداد نشریات سازمان | 79 |
| تعداد شماره‌ها | 2,322 |
| تعداد مقالات | 26,851 |
| تعداد مشاهده مقاله | 14,741,210 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 11,790,567 |
داکینگ مولکولی پپتید باکتریوسین انتروسین P با آنتی‌ژن سطحی باکتری اشرشیاکلای مولد ورم پستان در گاوشیری | ||
| تحقیقات دامپزشکی و فرآورده‌های بیولوژیک | ||
| مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 15 فروردین 1401 | ||
| نوع مقاله: مقاله کامل | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/vj.2022.357689.1943 | ||
| نویسندگان | ||
سیده زهرا موسوی 1؛ زهرا رشیدیان1؛ یاسمن زراعت پیشه2؛ علی جوادمنش  3
| ||
| 1دانشگاه فردوسی مشهد | ||
| 2گروه علوم دامی-دانشکده کشاورزی-دانشگاه فردوسی مشهد | ||
| 3Ferdowsi University of Mashhad | ||
| چکیده | ||
| امروزه پپتیدهای ضدمیکروبی نظیر باکتریوسین‌ها به‌عنوان عوامل بالقوه ضدمیکروبی توجه بیشتری به خود جلب کرده‌اند؛ که بررسی پایداری و فعالیت ضد باکتریایی آن‌ها در شرایط بدن حیوان بسیار حائز اهمیت می‌باشد. ابتدا ساختار سوم EntP با استفاده از سرور I-TASSER پیش‌بینی شد. سپس، پایداری این ساختار در شرایط دینامیکی مولکولی مورد ارزیابی قرار گرفت. بدین منظور شبیه‌سازی با کمک نرم‌افزار GROMACS در مدت زمان ns 400 برای دمای طبیعی بدن گاوشیری ( °K312) صورت گرفت. درنهایت گراف RMSDمربوط به این پپتید در مقایسه با زمان، در طول خط سیر شبیه‌سازی رسم گردید. به‌منظور بررسی برهم‌کنش پپتید با پروتئین سطحی LptDاز باکتری اشرشیاکلای مولد ورم پستان از سرور آنلاین ClusPro استفاده شد. در بخش آزمایشگاهی نیز حداقل غلظت مهارکنندگی (MIC) و حداقل غلظت کشندگی (MBC) براساس روش میکروبراث بر روی اشریشیاکلای برآورد گردید. براساس نتایج گزارش‌شده توسط سرورI-TASSER، بهترین ساختار پیش‌بینی‌شده‌ی پپتید EntP با ضریب اطمینان (C-score) برابر با 4/1 انتخاب شد. گراف RMSD مربوط به بررسی پایداری حرارتی EntP در دمای بدن گاو نشان داد که ساختار پپتید EntP پس از مدت ns 400 دارای خط سیر شبیه‌سازی پایدار است. نتایج مربوط به داکینگ مولکولی نیز نشان داد این پپتید به آنتی‌ژن LptD در موقعیت مناسب متصل می-شود. پس از اندازه‌گیری MIC، باکتری‌ها کشت داده و حداقل غلظت باکتری‌کشی (MBC) نیز به دست آمد که غلظت‌های مربوطه به ترتیب 25/48 و5/96 (μg/ml) برآورد شدند. امید است در آینده بتوان از این پپتید به‌عنوان ترکیبی جایگزین آنتی‌بیوتیک یا در کنار آن به‌منظور درمان بیماری‌های دامی با منشا اشرشیاکلای استفاده کرد. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| انتروسین؛ پپتید؛ بیوانفورماتیک؛ ورم پستان؛ داکینگ مولکولی | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| Molecular docking of bacteriocin enterocin P peptide with mastitis-causing E. coli antigen in cattle | ||
| نویسندگان [English] | ||
| Zahra Mousavi1؛ Zahra Rashidian1؛ Yasaman Zeraatpisheh2؛ Ali Javadmanesh3 | ||
| 1Ferdowsi University of Mashhad | ||
| 2Department of Animal Science-Faculty of Agriculture-Ferdowsi University of Mashhad | ||
| 3Ferdowsi University of Mashhad | ||
| چکیده [English] | ||
| Nowadays antimicrobial peptides have attracted more attention as potential antimicrobial agents. Therefore, in order to investigate the thermal stability of Enterocin P peptide (EntP), the third structure of EntP was first predicted using the I-TASSER server. Then, the stability of this structure was evaluated by dynamic conditions for this purpose, the simulation was performed using GROMACS software in 400ns at cow body temperature (312° K). Finally, the root-mean-square deviation (RMSD)graph of this peptide was plotted against time along the simulation trajectory. ClusPro online server was used to study the interaction of peptide with LptD surface protein from Escherichia coli bacterium causing mastitis. In the in vitro phase of this study, the minimum inhibitory concentration (MIC) and minimum dissociation concentration (MBC) of EntP peptide were estimated based on the microbroth method on Escherichia coli. The results showed that the best predicted structure of EntP peptide by I-TASSER server had a C-score of 1.4 which was selected. The RMSD graph related to the thermal stability of EntP at bovine body temperature showed that the structure of EntP peptide is stable after 400 ns of the simulation trajectory. The results of molecular docking also showed that this peptide was correctly attached to the LptD antigen. After measuring the MIC, the bacteria were cultured and the MBC was obtained, which were estimated at 48.25 and 96.5 (μg/ml), respectively. This peptide could be used as an alternative to antibiotics or in combination with them for the treatment of infections with the origin of Escherichia coli. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| EntP, Peptide, Bioinformatics, Mastitis, Molecular docking | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 91 |
||
