| تعداد نشریات | 284 |
| تعداد نشریات سازمان | 82 |
| تعداد شماره‌ها | 3,035 |
| تعداد مقالات | 33,960 |
| تعداد مشاهده مقاله | 45,464,875 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 71,333,900 |
مطالعه بیوانفورماتیکی پروتئین مولتی اپی‌توپ طراحی شده بر اساس مناطق بسیار محافظت شده پروتئین هماگلوتینین سویه‌های H9N2 و H5N8 ویروس آنفولانزا | ||
| تحقیقات دامپزشکی و فرآورده‌های بیولوژیک | ||
| مقاله 2، دوره 36، شماره 4، دی 1402، صفحه 2-13 اصل مقاله (2.31 M) | ||
| نوع مقاله: مقاله کامل | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/vj.2022.360912.2034 | ||
| نویسندگان | ||
| زهرا بزرگخو1؛ بهزاد همتی1؛ مرتضی تقی زاده2؛ مجید تبیانیان* 2؛ مصطفی قادری1 | ||
| 1گروه میکروبیولوژی، واحد کرج، دانشگاه آزاد اسلامی، کرج، ایران | ||
| 2بخش بیوتکنولوژی، موسسه تحقیقات سرم سازی رازی، سازمان واکسن و ترویج کشاورزی، کرج، تحقیقات، آموزش و ایران | ||
| چکیده | ||
| واکسیناسیون علیه آنفلوانزای پرندگانH9N2/H5N8 به عنوان یک راهکار موثر برای مقابله و کنترل این پاتوژن های کشنده مطرح می باشد. به همین منظور در این مطالعه یک واکسن کایمریک دوگانه موثر علیه H9/H5 از ناحیه HA2 دوسویه H9N2 و H5N8 طراحی شد و با استفاده از مدل های بیوانفورماتیک، خصوصیات فیزیکوشیمیایی و تجزیه و تحلیل ساختار آنتی ژنیک اپی توپ های انتخاب شده مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. برای انجام این مطالعه سویه های (A/chicken/Iran/B308B/2004) H9N2 و (A/Poultry/Iran/clade 2344/2018) H5N8 انتخاب شدند و اپی توپ های محرک لنفوسیت های B و T بررسی و مناسب ترین آنها انتخاب شدند. سپس یک واکسن کایمریک با ترکیب اپی توپهای بسیار ایمنی زا طراحی شد. در ادامه با استفاده از نرم افزارهای مرتبط، ویژگیهای فیزیکوشیمیایی و ساختار ثانویه واکسن طراحی شده از لحاظ پایداری حرارتی و آبدوستی و pH ایزوالکتریک و میزان آنتی ژنسیتی،آلرژنسیتی نیز مورد ارزیابی قرار گرفت. در نهایت واکسن پیشنهادی رونویسی معکوس شد و به منظور قرارگیری در وکتور بیانی پروکاریوتی PET 41 a(+) تطبیق داده شد. با توجه به نتایج حاصل، پیش بینی میشود که ساختارآنتی ژنیک طراحی شده در این مطالعه می تواند با موفقیت و به میزان قابل قبولی در سیستم های پروکاریوتی بیان شود و جهت مطالعات ایمنی زایی علیه سویه های H5N8 وH9N2 ویروس آنفلوآنزا مورد استفاده قرار گیرد. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| ویروس آنفلوانزا؛ مولتی اپی‌توپ؛ هماگلوتینین؛ بیوانفورماتیک | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| Bioinformatic Anaysis of Multi-epitope Protein Designed Based on Highly Conserved Regions of Hemagglutinin Protein of H9N2 and H5N8 Influenza Virus Strains | ||
| نویسندگان [English] | ||
| zahra Bozorgkhoo1؛ Behzad Hemmati1؛ Morteza Taghizadeh2؛ Majid Tebianian2؛ Mostafa Ghaderi1 | ||
| 1Department of Microbiology, Karaj Branch, Islamic Azad University, Karaj, Iran | ||
| 2Department of Biotechnology, Razi Vaccine and Serum Research Institute, Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Karaj, Iran | ||
| چکیده [English] | ||
| Vaccination against bird flu H9N2/H5N8 is considered as an effective strategy to deal with and control these deadly pathogens. For this purpose, in this study, an effective dual chimeric vaccine against H9/H5 from the bidirectional HA2 region of H9N2 and H5N8 was designed and analyzed using bioinformatics models, physicochemical characteristics and antigenic structure analysis of selected epitopes.To carry out this study, (A/chicken/Iran/B308B/2004) H9N2 and (A/Poultry/Iran/clade 2344/2018) H5N8 strains were selected and the epitopes stimulating B and T lymphocytes were investigated and the most suitable ones were selected. Then a chimeric vaccine was designed by combining highly immunogenic epitopes. In the following, using related software, the physicochemical characteristics and secondary structure of the designed vaccine were evaluated in terms of thermal stability, hydrophilicity, isoelectric pH, antigenicity and allergenicity. Finally, the proposed vaccine was reverse transcribed and adapted to be placed in the prokaryotic expression vector pET-41 a(+). According to the results, it is predicted that the antigenic structure designed in this study can be expressed successfully in prokaryotic systems and use for immunogenic studies against H5N8 and H9N2 strains of influenza virus. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| influenza virus, multi-epitope, hemagglutinin, bioinformatics | ||
| مراجع | ||
|
1. Bacchetta R, Gregori S, Roncarolo MG. CD4+ regulatory T cells: mechanisms of induction and effector function. Autoimmun Rev. 2005;4(8):491-6. 2. Choi YK, Ozaki H, Webby RJ, Webster RG, Peiris JS, Poon L, et al. Continuing evolution of H9N2 influenza viruses in Southeastern China. J Virol. 2004; 78(16):8609-14. 3. Cooper NR, Nemerow GR. The role of antibody and complement in the control of viral infections. J Invest Dermatol. 1984; 83(1 Suppl):121s-127s. 4. Eagles D, Siregar ES, Dung DH, Weaver J, Wong F, Daniels P. H5N1 highly pathogenic avian influenza in Southeast Asia. Rev Sci Tech. 2009;28(1):341-8. 5. El-Shesheny R, Kandeil A, Bagato O, Maatouq AM, Moatasim Y, Rubrum A, et al. Molecular characterization of avian influenza H5N1 virus in Egypt and the emergence of a novel endemic subclade. J Gen Virol. 2014;95(Pt 7):1444-1463. 6. Gao R, Bai T, Li X, Xiong Y, Huang Y, Pan M, et al. The comparison of pathology in ferrets infected by H9N2 avian influenza viruses with different genomic features. Virology. 2016 ;488:149-55. 7. Guo YJ, Krauss S, Senne DA, Mo IP, Lo KS, Xiong XP, et al. Characterization of the pathogenicity of members of the newly established H9N2 influenza virus lineages in Asia. Virology. 2000; 267(2):279-88. 8. Hai R, Krammer F, Tan GS, Pica N, Eggink D, Maamary J, et al. Influenza viruses expressing chimeric hemagglutinins: globular head and stalk domains derived from different subtypes. J Virol. 2012; 86(10):5774-81. 9. Hasan M, Ghosh PP, Azim KF, Mukta S, Abir RA, Nahar J, et al. Reverse vaccinology approach to design a novel multi-epitope subunit vaccine against avian influenza A (H7N9) virus. Microb Pathog. 2019;130:19-37. 10. Hayden F, Croisier A. Transmission of avian influenza viruses to and between humans. J Infect Dis. 2005 ;192(8):1311-4. 11. Igietseme JU, Eko FO, He Q, Black CM. Antibody regulation of Tcell immunity: implications for vaccine strategies against intracellular pathogens. Expert Rev Vaccines. 2004;3(1):23-34. 12. Ikai A. Thermostability and aliphatic index of globular proteins. J Biochem. 1980;88(6):1895-8. 13. Kandeil A, El-Shesheny R, Maatouq AM, Moatasim Y, Shehata MM, Bagato O, et al. Genetic and antigenic evolution of H9N2 avian influenza viruses circulating in Egypt between 2011 and 2013. Arch Virol. 2014 Nov;159(11):2861-76. doi: 10.1007/s00705-014-2118-z. Epub 2014 Jul 3. PMID: 24990416; PMCID: PMC4206084. 14. Kandeil A, Hicks JT, Young SG, et al. Active surveillance and genetic evolution of avian influenza viruses in Egypt, 2016-2018. Emerg Microbes Infect. 2019;8(1):1370-1382. 15. Kilbourne ED. Influenza pandemics of the 20th century. Emerg Infect Dis. 2006;12(1):9-14. 16. Kim SM, Kim YI, Park SJ, Kim EH, Kwon HI, Si YJ, et al. Vaccine Efficacy of Inactivated, Chimeric Hemagglutinin H9/H5N2 Avian Influenza Virus and Its Suitability for the Marker Vaccine Strategy. J Virol. 2017 Feb 28;91(6):e01693-16. 17. Kim YI, Pascua PNQ, Kwon H-I, Lim G-J, Kim E-H, Yoon S-W, et al. Pathobiological features of a novel, highly pathogenic avian influenza A(H5N8) virus. Emerg Microbes Infect. 2014;3(10):e75. 18. Kyte J, Doolittle RF. A simple method for displaying the hydropathic character of a protein. J Mol Biol. 1982; 157(1):105-32. 19. Loeb J. Avian flu: is vaccination the answer?. Vet Rec. 2022;191(4):142-143. 20. Matrosovich MN, Gambaryan AS, Teneberg S, Piskarev VE, Yamnikova SS, Lvov DK, et al. Avian influenza A viruses differ from human viruses by recognition of sialyloligosaccharides and gangliosides and by a higher conservation of the HA receptor-binding site. Virology. 1997;233(1):224-34. doi: 10.1006/viro.1997.8580. PMID: 9201232. 21. McKeever TM, Lewis SA, Smith C, Hubbard R. Vaccination and allergic disease: a birth cohort study. Am J Public Health. 2004;94(6):985-9. 22. Moghaddam F, Taghizadeh M, Mansouri R, Dabaghian M. Designing of A Multi-epitope Recombinant Protein, Consisting of Several Conserved Epitopes from Hemagglutinin Protein of the H1N1 and H5N1 Strains of Influenza Virus by Immunoinformatics Approaches. aumj 2020; 9 (4) :395-404 23. Neumann G, Kawaoka Y. Host range restriction and pathogenicity in the context of influenza pandemic. Emerg Infect Dis. 2006;12(6):881-6. 24. Peiris JS, de Jong MD, Guan Y. Avian influenza virus (H5N1): a threat to human health. Clin Microbiol Rev. 2007;20(2):243-67. 25. Pu J, Wang S, Yin Y, Zhang G, Carter RA, Wang J, et al. Evolution of the H9N2 influenza genotype that facilitated the genesis of the novel H7N9 virus. Proc Natl Acad Sci U S A. 2015 ;112(2):548-53. 26. Skeik N, Jabr FI. Influenza viruses and the evolution of avian influenza virus H5N1. Int J Infect Dis. 2008;12(3):233-8. 27. Smith G, Naipospos T, Nguyen T, et al. Evolution and adaptation of H5N1 influenza virus in avian and human hosts in Indonesia and Vietnam. Virology. 2006;350(2):258-268.. 28. Tang Y, Wu P, Peng D, Wang X, Wan H, Zhang P, et al. Characterization of duck H5N1 influenza viruses with differing pathogenicity in mallard (Anas platyrhynchos) ducks. Avian Pathol. 2009;38(6):457-67. 29. Taubenberger JK, Morens DM. 1918 Influenza: the mother of all pandemics. Emerg Infect Dis. 2006;12(1):15-22 30. Wang W, Suguitan AL Jr, Zengel J, Chen Z, Jin H. Generation of recombinant pandemic H1N1 influenza virus with the HA cleavable by bromelain and identification of the residues influencing HA bromelain cleavage. Vaccine. 2012;30(5):872-8. 31. Watanabe Y, Arai Y, Daidoji T, Kawashita N, Ibrahim MS, El-Gendy Eel-D, et al. Characterization of H5N1 influenza virus variants with hemagglutinin mutations isolated from patients. mBio. 2015 ;6(2):e00081-15. 32. Webster, Robert G., and Elizabeth Jane Walker. Influenza: The World Is Teetering on the Edge of a Pandemic That Could Kill a Large Fraction of the Human Population. American Scientist, 2003; 91(2) : 122-9 33. Yang ZY, Wei CJ, Kong WP, Wu L, Xu L, Smith DF, et al. Immunization by avian H5 influenza hemagglutinin mutants with altered receptor binding specificity. Science. 2007;317(5839):825-8. 34. Yassine HM, Lee CW, Gourapura R, Saif YM. Interspecies and intraspecies transmission of influenza A viruses: viral, host and environmental factors. Anim Health Res Rev. 2010; 11(1):53-72. 35. Zhao K, Gu M, Zhong L, Duan Z, Zhang Y, Zhu Y, et al. Characterization of three H5N5 and one H5N8 highly pathogenic avian influenza viruses in China. Vet Microbiol. 2013;163(3-4):351-7. doi: 10.1016/j.vetmic.2012.12.025. Epub 2013 Jan 17. PMID: 23375651. | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 538 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 603 |
||