1Department of Microbiology, faculty of veterinary Sciences, Ilam University, Ilam, Iran
2Department of Microbiology, Faculty of Veterinary Sciences, Ilam University, Ilam, Iran
3Department of Microbiology, Faculty of Veterinary Sciences, Ilam University, Ilam, Iran
چکیده
Antibiotic resistance is rising dramatically worldwide. Thus, the production of new antibiotics is indispensable. Recent scientific initiatives have focused on the bioprospecting of microorganisms' secondary metabolites, with a particular focus on the look for natural products with antimicrobial properties derived from endophytes. All plant species, regardless of type, are thought to anchor endophytic bacteria (EB). There are many potential uses for the natural therapeutic compounds made by EB including in medicine, agriculture and pharmaceutical industry. To investigate antibacterial properties, in this study, Actinomycetota (formerly, Actinobacteria) were isolated from Anthemis pseudocotula Boiss., identified and bioprospected by morphological and molecular methods. Samples were collected from Ilam and then divided into roots, leaves, stems and flowers. After disinfection, they were cut into 2 mm pieces and cultured on casein agar culture medium and incubated at 28 ºC for up to four weeks. Using PCR method targeting 16S rRNA gene, identification of Actinomycetota was carried out. To evaluate the antibacterial properties of the isolated Actinomycetota, the agar diffusion method was used. In parallel, the frequencies of biosynthetic gene clusters (BGCs) including polyketide synthase (PKS-I, PKS-II), nonribosomal peptide synthetase (NRPS) genes were determined in isolated Actinomycetota. Ninety bacteria were isolated from different parts of Anthemis flowers. It was determined that 38 bacteria (42.2%) of these bacteria belong to the phylum Actinomycetota. and out of 38 bacteria, 15 isolates (39.5%) had antibacterial properties. Of these, 11 isolates (73.3%) exhibited antibacterial effects against Staphylococcus aureus, two isolates (13.3%) against Pseudomonas aeruginosa, three isolates (20%) against Escherichia coli and two isolates (13.3%) against Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium. The results of molecular analysis of PKS-I, PKS-II and NRPS genes showed that out of 38 isolated Actinomycetota strains, 23 isolates (60.5%) carried PKS-I gene, six isolates (15.8%) harbored PKS-II gene and 20 isolates (52.6%) had NRPS gene. This study indicates that Anthemis pseudocotula Boiss. has a number of active Actinomycetota that produce secondary metabolites with antibacterial properties.
جداسازی و غربالگری خواص آنتی باکنریایی اکتینومایستوتا از گیاه آنتمیس سودوکاتولا
چکیده [English]
مقاومت آنتی بیوتیکی در سراسر جهان به طور چشمگیری در حال افزایش است. بنابراین، تولید آنتی بیوتیک های جدید ضروری است. همه گونههای گیاهی، صرفنظر از نوع، دارای باکتریهای اندوفیت (همزیست) هستند که با داشتن خواص ضد میکروبی و دیگر فعالیت های زیستی کاربردهای بالقوه زیادی را برای ساخت ترکیبات درمانی طبیعی از جمله در پزشکی، کشاورزی و صنعت داروسازی دارا می باشند. به منظور بررسی خواص ضد باکتریایی اندوفیت ها، در این مطالعه، اکتینومایستوتا (که قبلاً اکتینو باکتریا نامیده می شدند) ازگل های بابونه یا Anthemis pseudocotula Boiss جدا نموده و با روش های مورفولوژیکی و مولکولی شناسایی شدند. نمونه ها در ایلام جمع آوری و سپس به ریشه، برگ، ساقه و گل تقسیم شدند. پس از ضدعفونی، آنها را به قطعات دو میلی متری برش داده و در محیط کشت کازئین آگار کشت داده و تا 4 هفته در دمای 28 درجه سانتی گراد گرماگذاری شدند. با استفاده از روش PCR با هدف قرار دادن ژن 16S rRNA شناسایی Actinomycetota انجام شد. برای ارزیابی خواص ضد باکتریایی اکتینومیستوتای جدا شده، از روش انتشار در آگار استفاده شد. همزمان، فراوانی خوشههای ژن بیوسنتزی (BGCs) شامل پلیکتید سنتاز (PKS-I، PKS-II)، ژنهای پپتید سنتتاز غیر ریبوزومی (NRPS) در اکتینومایستوتای جدا شده تعیین شد. 90 باکتری از قسمتهای مختلف گلهای Anthemis جداسازی شدند. مشخص شد که 38 باکتری (42.2%) از این باکتری ها متعلق به شاخه Actinomycetota هستند. از این 38 باکتری، 15 جدایه (39.5%) دارای خواص ضد باکتریایی بودند. از این تعداد، 11 جدایه (3/73 درصد) اثر ضد باکتریایی بر علیه استافیلوکوکوس اورئوس، 2 جدایه (3/13 درصد) علیه سودوموناس اروژینوزا، 3 جدایه (20 درصد) علیه اشریشیا کلی و 2 جدایه (3/13 درصد) بر علیه سالمونلا انتریکا زیر گونه انتریکا از خود نشان دادند. نتایج آنالیز مولکولی ژنهای PKS-I، PKS-II و NRPS نشان داد که از 38 سویه Actinomycetota جدا شده، 23 جدایه (60.5 درصد) حامل ژن PKS-I، 6 جدایه (15.8 درصد) دارای ژن PKS-II و 20 سویه حاوی ژن (6/52%) دارای ژن NRPS بودند. این مطالعه نشان می دهد که Anthemis pseudocotula Boiss. دارای تعدادی Actinomycetota فعال است که متابولیت های ثانویه با خواص ضد باکتریایی تولید می کند.
کلیدواژهها [English]
جداسازی, جستجوی ترکیبات فعال زیستی, اکتینومایستوتا, گل بابونه