- همه نشریات
- نشریات علمی سازمان تحقیقات، آموزش و ترویچ کشاورزی
- مجلات ترویجی سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی
- سایر نشریات سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی
- نشریات علمی انجمن ها
- علوم آب و خاک
- علوم اقتصاد و ترویج کشاورزی
- علوم جنگل, مرتع و آبخیزداری
- علوم دامی و شیلات
- علوم زراعی و باغی
- علوم گیاهپزشکی
- علوم مهندسی و مکانیزاسیون کشاورزی
- نشریات با زبان انگلیسی
- نشریات با زبان فارسی
- نشریات دانشگاه آزاد اسلامی
- نشریات علمی
پیوندهای مفید
اخبار و اعلانات
آمار
| تعداد نشریات | 284 |
| تعداد نشریات سازمان | 83 |
| تعداد شماره‌ها | 2,603 |
| تعداد مقالات | 29,892 |
| تعداد مشاهده مقاله | 18,737,819 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 14,160,804 |
بررسی قدرت اتصال آنزیم های DEP-A و DEP-B با مایکوتوکسین 15ADON با استفاده از داکینگ مولکولی | ||
| تحقیقات دامپزشکی و فرآورده‌های بیولوژیک | ||
| مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 07 تیر 1402 | ||
| نوع مقاله: مقاله کامل | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/vj.2023.362064.2062 | ||
| نویسندگان | ||
| سیده زهرا موسوی1؛ محمد هادی سخاوتی2؛ محسن فرزانه3؛ علی جوادمنش* 4 | ||
| 1دانشگاه فردوسی مشهد | ||
| 2علوم دامی دانشکده کشاورزی دانشگاه فردوسی مشهد | ||
| 3پژوهشکده گیاهان و مواد اولیه دارویی دانشگاه شهید بهشتی | ||
| 4Ferdowsi University of Mashhad | ||
| چکیده | ||
| دی‌اکسی‌نیوالنول (DON) رایج‌ترین مایکوتوکسین آلوده‌کننده‌ی غلات است که با روش‌های رایج نظیر جاذب‌ها قابل کنترل نیست. از این رو، روش‌های مبتنی بر آنزیم‌ها جهت سم‌زدایی این نوع مایکوتوکسین ها پیشنهاد می‌شود. هدف از مطالعه‌ی حاضر بررسی برهمکنش آنزیم‌های DEP-A و DEP-B با کموتایپ‌های مایکوتوکسین DON نظیر 15- استیل-دی‌اکسی‌نیوالنول (15ADON) از طریق داکینگ مولکولی می‌باشد. ساختار سه بعدی پروتئین های DEP-A و DEP-B با استفاده از سرور SWISS MODEL پیش‌بینی شد. سپس، پایداری این ساختارها در شرایط دینامیکی مولکولی مورد ارزیابی قرار گرفتند. بدین منظور شبیه‌سازی با کمک نرم‌افزار GROMACS انجام شد و سپس منحنی RMSDمربوط به این دو آنزیم جهت بررسی پایداری ساختار رسم شد. به‌منظور بررسی برهمکنش های آنزیم DEP-A با 15ADON و DEP-B با حدواسط ایجاد شده از مرحله‌ی قبل یعنیOxid 15ADON از سرور آنلاین H-DOCK استفاده شد. بررسی ساختارهای پیش‌بینی‌شده توسط پلات‌های ERRAT، Verify3D، Z-score و Ramachandran نشان داد که پیش‌بینی ساختارها با موفقیت انجام شده‌است. منحنی های RMSD نشان داد که DEP-A و DEP-B به ترتیب در 240 و 40 نانوثانیه با میزان 58/0 و 35/0 nm پایدار شده‌اند. نتایج مربوط به داکینگ مولکولی نیز نشان داد که هر دو آنزیم DEP-A و DEP-B به ترتیب با انرژی اتصال نسبتا قوی (90/157- و 78/141-) به سوبسترا متصل شده‌اند. در نهایت می‌توان نتیجه گرفت که هر دو آنزیم مورد مطالعه قادر به اتصال به کموتایپ 15ADON در جایگاه مناسب بوده که نشان می‌دهد این آنزیم‌ها می‌توانند در غیر فعال سازی این کموتایپ موثر واقع شوند. اگرچه مطالعات آزمایشگاهی به منظور تایید این نتایج مورد نیاز می‌باشد. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| داکینگ مولکولی؛ مایکوتوکسین؛ آنزیم؛ 15-استیل-دی‌اکسی‌نیوالنول | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| Investigating of the binding energy of DEP-A and DEP-B enzymes with DON mycotoxin chemotype by molecular docking | ||
| نویسندگان [English] | ||
| Zahra Mousavi1؛ Mohammad hadi Sekhavati2؛ Mohsen Farzaneh3؛ Ali Javadmanesh4 | ||
| 1Ferdowsi University of Mashhad | ||
| 2Animal science, agriculture, ferdowsi university of mashhad | ||
| 3Medicinal Plants and Drugs Research Institute, Shahid Beheshti University | ||
| 4Ferdowsi University of Mashhad | ||
| چکیده [English] | ||
| Dioxynivalenol (DON) is the most common mycotoxin contaminating grains, which cannot be controlled by common methods such as absorbents. Hence, enzyme-based methods are suggested for detoxification of these types of mycotoxins. Therefore, the aim of the present study was to investigate the interaction of DEP-A and DEP-B enzymes with DON mycotoxin chemotypes such as 15-acetyl-deoxynivalenol (15ADON) through molecular docking. The three-dimensional structures of DEP-A and DEP-B proteins were predicted using the SWISS MODEL server. Then, the stability of these structures was evaluated in molecular dynamic conditions. For this purpose, the simulation was carried out with GROMACS software and then the RMSD curve of these two enzymes was drawn to check the stability of the predicted structure. H-DOCK online server was used to performed the interaction of DEP-A enzyme with 15ADON and DEP-B with Oxid15ADON intermediate. Checking the accuracy of the predicted structures by ERRAT Verify3D, Z-score and Ramachandran plots showed that the prediction of tertiary structures successfully performed. The RMSD curves showed that DEP-A and DEP-B were stabilized in 240 and 40 nanoseconds with 0.58 and 0.35 nm, respectively. The results of molecular docking also showed that both DEP-A and DEP-B enzymes could bind to their substrates with relatively strong binding energy -157.90 and -141.78, respectively. Overall, it can be concluded that both studied enzymes were able to bind to the 15ADON chemotype of DON in the appropriate position, which shows that these enzymes can be effective in deactivating this chemotype, although laboratory studies are needed to confirm the results. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| Molecular Docking, Mycotoxin, Enzyme, 15-Acetyl-Deoxynivalenol | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 92 |
||
سامانه مدیریت نشریات علمی. قدرت گرفته از سیناوب