اخبار و اعلانات

 آمار

تعداد نشریات285
تعداد نشریات سازمان83
تعداد شماره‌ها3,105
تعداد مقالات34,629
تعداد مشاهده مقاله49,662,874
تعداد دریافت فایل اصل مقاله80,096,393
محمدی اهوازی, غزال, بیگی نصیری, محمدتقی, نظری, محمود, صدر, آیه سادات. (1403). شناسایی و اعتبارسنجی نشانگرهای توالی ساده تکراری (SSR) برای ماهی گطان (Luciobarbus xanthopterus) بر پایه داده‌های RNA-Seq. سامانه مدیریت نشریات علمی, 33(1), 15-27. doi: 10.22092/isfj.2024.131190
غزال محمدی اهوازی; محمدتقی بیگی نصیری; محمود نظری; آیه سادات صدر. "شناسایی و اعتبارسنجی نشانگرهای توالی ساده تکراری (SSR) برای ماهی گطان (Luciobarbus xanthopterus) بر پایه داده‌های RNA-Seq". سامانه مدیریت نشریات علمی, 33, 1, 1403, 15-27. doi: 10.22092/isfj.2024.131190
محمدی اهوازی, غزال, بیگی نصیری, محمدتقی, نظری, محمود, صدر, آیه سادات. (1403). 'شناسایی و اعتبارسنجی نشانگرهای توالی ساده تکراری (SSR) برای ماهی گطان (Luciobarbus xanthopterus) بر پایه داده‌های RNA-Seq', سامانه مدیریت نشریات علمی, 33(1), pp. 15-27. doi: 10.22092/isfj.2024.131190
محمدی اهوازی, غزال, بیگی نصیری, محمدتقی, نظری, محمود, صدر, آیه سادات. شناسایی و اعتبارسنجی نشانگرهای توالی ساده تکراری (SSR) برای ماهی گطان (Luciobarbus xanthopterus) بر پایه داده‌های RNA-Seq. سامانه مدیریت نشریات علمی, 1403; 33(1): 15-27. doi: 10.22092/isfj.2024.131190

شناسایی و اعتبارسنجی نشانگرهای توالی ساده تکراری (SSR) برای ماهی گطان (Luciobarbus xanthopterus) بر پایه داده‌های RNA-Seq

مجله علمی شیلات ایران
دوره 33، شماره 1، فروردین و اردیبهشت 1403، صفحه 15-27    اصل مقاله (763.1 K)
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/isfj.2024.131190
نویسندگان
غزال محمدی اهوازی1؛ محمدتقی بیگی نصیری1؛ محمود نظری* 1؛ آیه سادات صدر2
1گروه علوم دامی، دانشکده علوم دامی و صنایع غذایی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان، ملاثانی، ایران
2پژوهشکده آبزی‌پروری جنوب کشور، موسسه تحقیقات علوم شیلاتی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، اهواز، ایران
چکیده
این پژوهش به منظور شناسایی و اعتبارسنجی نشانگرهای توالی ساده تکراری (SSR) مربوط به گونه ماهی گطان (Luciobarbus xanthopterus) با استفاده از داده‌های RNA-Seq انجام شد. پس از جداسازی بافت کبد، استخراج RNA از نمونه‌‌ها انجام گرفت. نمونه‌ها با استفاده از پلتفرم ایلومینا Novaseq 6000 توالی‌‌یابی شدند. برای بازسازی رونوشت‌‌ها، از نرم‌‌افزار Trinity (نسخه 2.15.1) استفاده شد. شناسایی SSRs با استفاده از از پایگاه MISA انجام شد. پرایمرهای مورد نیاز در واکنش زنجیره‌ای پلیمراز برای 5 نشانگر SSR با نرم افزار PRIMER 3 طراحی و بر 45 ماهی گطان مورد ارزیابی قرار گرفت. سرهم‌‌بندی رونوشت‌‌ها با برنامه Trinity، 941،894 یونی ژن و 1،768،662 ترانسکریپت ایجاد کرد. در این مطالعه، بررسی 1،276،825 توالی به‌وسیله نرم‌‌افزار MISA، منجر به شناسایی تعداد 349،871 نشانگر SSR شد. در میان SSRs ، تکرارهای دو و سه نوکلئوتیدی به‌ترتیب با 37/89 درصد و 05/8 درصد، بیشترین تعداد تکرار را به‌خود اختصاص دادند. 5 پرایمر مورد استفاده، 2 جایگاه چندشکلی را نشان دادند. هتروزیگوسیتی مورد انتظار و مشاهده شده برای جایگاه MN1359 به‌ترتیب 785/0 و 147/0 و برای جایگاه GM1371 به‌ترتیب 770/0 و 093/0 محاسبه شد. به‌علاوه، آزمون کای مربع نشان داد که جمعیت برای هر دو جایگاه در تعادل هاردی-‏وینبرگ قرار ندارد. نتایج ارزیابی معیار‌‌های مختلف تنوع ژنتیکی همگی گویای کاهش تنوع در بین جمعیت مورد مطالعه بود. به طور کلی، نتایج این تحقیق نشان داد که SSRs جدید می‌توانند برای اصلاح نژاد، مطالعات ژنومیک عملکردی و بررسی تنوع ژنتیکی ماهی گطان مفید باشند.
کلیدواژه‌ها
گطان؛ RNA-Seq؛ ترانسکریپتوم؛ توالی‌های ساده تکراری
عنوان مقاله [English]
Identification and validation of simple sequence repeats (SSR) markers for yellowfin barbel (Luciobarbus xanthopterus) using RNA-Seq data
نویسندگان [English]
G. Mohammadi Ahvazi1؛ M.T. Beigi Nasiri1؛ M. Nazari1؛ A.S. Sadr2
مراجع
آمار
تعداد مشاهده مقاله: 267
تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 262


counter
سامانه مدیریت نشریات علمی. طراحی و پیاده سازی از سیناوب